日本を二分する大戦「鳥羽伏見の戦い」勃発。土方たちも旧幕府軍側として参戦を決める中、新撰組に激震が走る。近藤勇と沖田総司の離脱。新撰組を近藤から託され、局長代理となった土方は“錦の御旗”を掲げる新政府軍との闘いに突入していく。

「鳥羽伏見の戦い」を幕開けに、激化していく戦争。進軍してくる薩長軍から大坂城を守るため、新選組、見廻組、別撰組が集結し、幕府軍最強戦力の部隊を結成する。しかし―――「淀藩謀反」。岩倉具視に仕掛けられたこの策謀により、戦争の形勢は一転、新撰組は窮地に陥ってしまう。絶体絶命の中、仲間の命を守るため、敵軍の前に一人の漢が立ちはだかる。漢の名は井上源三郎。新撰組六番隊組長・井上源三郎最期の戦いが始まる。

江戸へ向かう船中、死刑囚で構成された大英帝国からの刺客「亡霊の騎士団」の襲撃を受ける土方たち。彼らの強さの根源―――それは大英帝国に対する「復讐の誓い」であった。「土方歳三VSスコットランド騎士」、「斉藤一VS無痛の怪物」「佐川官兵衛」VS「カラリパヤットの達人」など、最強の武士「新撰組」と最凶の死刑囚「亡霊の騎士団」が船上で激突―――！

新撰組VS亡霊の騎士団。「最強」対「最凶」のタイマン戦争もいよいよ大詰め。船上で繰り広げられる死闘。散りゆく漢たち。そんな中、瀕死の重傷を負いながら、なおも敵の前に立ち続ける漢がいた。漢の名は山崎烝。土方歳三と交わした『六文銭の誓い』が漢を突き動かす。新撰組一信用できない男・山崎烝が果たす最期の約束―――。

新政府軍の先鋒が江戸に到達。ついに江戸城の無血開城が決まる。復讐に燃えたぎる新政府軍の怒りの矛先は、多くの志士達を殺戮した旧幕府軍の象徴、新撰組へと向かっていた。近藤勇は仲間の命を救うため、新撰組局長として最後の命令を下す。それは『新撰組解散』であった―――。

新撰組局長近藤勇、斬首。新撰組一番隊組長沖田総司、病死。幕末の時代を駆け抜けたふたりの漢の死により時代はさらに加速していく。残された土方は近藤から託された夢のため、新たな道へと歩み始める―――。

大鳥軍の参謀として 新政府軍を次々に撃破していく土方は、北関東における重要拠点・宇都宮城を一日で落城させ、完全勝利を収める。しかし、天才指揮官としての名声を得る一方、危険な漢たちをも招き寄せることになる。井上源三郎の仇、薩摩藩砲兵隊長 大山弥助。散った家族の弔いのため死地へ向かう。

熾烈を極める宇都宮城攻防戦。闘いの最中、土方の前に薩摩の怪物 野津七次が立ちはだかる。東の最強『天然理心流』VS西の最強『薬丸自顕流』。幕末を席巻した二つの最強が相対す――。一方、新政府軍の追手を一人で食い止め、瀕死の重傷を負った原田左之助は、小太郎たち姉弟に命を救われる。傷を癒すまでの一瞬の平穏、だが運命が死神を戦地へと誘う。新撰組十番隊組長 原田左之助。姉弟との約束を果たすため、最期の戦場 上野へ向かう。

重傷を負いながらも会津に合流した土方だったが、戦場で受けた怪我が元で到着後数日、意識を失ってしまう。そして、追い討ちをかけるように会津への侵攻を開始する新政府軍。そんな絶望的状況にひとりの漢が立ち上がる。新撰組三番隊組長、斉藤一。一匹狼と呼ばれてきた漢が新撰組の未来を背負い、戦場へと出撃する。

緒戦を勝利し、勢いづく土方たち旧幕府勢力だったが、新政府軍の天才軍師・大村益次郎の策謀により長岡城が急襲される。新政府軍の大軍に包囲され、城を枕に討ち死にする覚悟を決める牧野父子。主君の窮地を救うため、死地へと赴く河井継之助のガトリングの咆哮が火を吹く。