万年赤字経営の銚子電鉄に向けて復活のアイデアをプレゼンするゲンたち…「銚子電鉄を救え！」、コロナ禍により自分の店を閉店した敦子は父の仕事を継ぐために建設業に転職するがそこは男性社会で…「仕事の面白さとは」、オリンピック後の不景気に備え経営の多角化を模索する慶子たちは優秀な人材を確保しようとする…「経営の多角化に向けて」、コロナ禍で経営に苦しむ『のみくい処大山』の経営を立て直そうとする女性陣。しかしそれには思い切った改革が必要で…「逆転の発想」他。

新型コロナの流行により、人々の働き方に変化が現れる。リモートワークで地方に転居した遠山夫妻の生活は順風満帆かと思われたが思わぬ落とし穴にハマる…「ウィズコロナのニューノーマル」、３Dプリンターの家がいつになっても実現しないのに業を煮やした村井は３Dプリンターで料理を作る「３Dプリンターレストラン」の開店を模索し試食会を開く…「村井の３Dプリンターレストラン」、ゲンに密かな恋心を抱く内田は仕事に行き詰まり自分が何のために仕事をしているのか初心に返ることにするが…「木組みパズル」他。

中国でのビル爆破解体を目前に控えたジョージが負傷！ジョージはゲンを自分の代わりの現場代理人に指名する。ゲンはジョージの施工現場を見て衝撃を受ける…「ジョージの現場」、新型コロナウィルスの影響により仕事が激減した曳き家の岡本は廃業を考えるようになる。ロクとゲンに相談する岡本だったが…新型コロナウィルスの影響を受ける企業と受けない企業の違いとは何か、岡本の仕事はどうなるのか…「新型コロナウィルスの光と影」、国土建設省キャリア官僚の縞はアメリカ留学から帰国。縞は尾上陽子副大臣の下で建設業の改革に乗り出す。縞は新しい通達を出すことで、建設業の新工法の活性化を画策するが、その中に爆破解体も入っていて…「官からのプレゼント」他。

しらさぎ市にバブル期に建てられた菩薩像は、持ち主が死亡し遺族が相続を放棄し、自治体のお荷物となっていた。国土建設省の縞はゲンたちに菩薩像を爆破解体させることで、地域活性化のスピードアップのモデル事業にすることを画策するが、現地を視察したゲンは幾つもの問題点にぶち当たる…「祈りの解体」、潔癖症の敦子は解体業に向いていないのではないかと苦悩する。なんとかしてあげたいと思案するゲンたちはロクとミチに相談する…「秋のゆきだるま」、縞の下で働く若手キャリア官僚の関根はエキセントリックな行動を取る上司の縞についていっていいのか苦悩する…「官僚の決断」他。

しらさぎ市にバブル期に建てられた菩薩像をゲンたちはいよいよ爆破解体する。縞たち行政の助けを得て、爆破解体工事は無事に成功するのか…「すべてのその後に」、秀美は経営コンサルタントの仕事がうまくゆかずコンビニとファミレスを掛け持ちする毎日。そんなある日、秀美は店舗経営シミュレーションのスマホゲームを勧められ、そのあまりの簡単さにキレてしまう!?…「秀美のお店経営チュー!?」、産廃業者の岡崎はそれが不法と知りながら、妻の実家の空き耕作地に産業廃棄物を仮置放置する。しかし他の違法業者に便乗投棄され、一気に社会問題となる…「不法投棄の代償」他。

ゲンたちは魅努川温泉の廃墟ホテル群を爆破解体するプレテストとして、隣県にあるバブル時代に建設された「ホテル馬部流（バベル）」を爆破解体することに。バブル時代とは何だったのか…「プレテスト」、新型コロナウィルスの影響で潔癖症の症状が悪化した敦子は外に出れなくなる。そんな敦子のために谷は箱庭メタバースを用意する…「敦子の離脱とメタバース」、中国の惑小集団の不動産バブルが崩壊寸前、ゲンたちはそれを食い止めるために10日間でマンション５棟の爆破解体に挑戦する「超スピード爆破解体」他。

中国不動産バブルの清算をすべく、26棟のマンション同時解体に挑むゲンたち。たった10日間の施工期間で５棟の爆破解体を担当するゲンに勝算はあるのか、そしてゲンは新たに工業用爆薬を開発する…「超スピード解体」、大日本化薬の曽我は子どもの頃から花火好きだった。勉強そっちのけで花火に夢中になる曽我も中学生になり、自分の進路に向き合う時が来る…「多能工と専門職」、有華の母親が家出!?老舗に嫁いだ嫁が自分のやりたいことに目覚める…「老舗の嫁」他。

かつてゲンたちがドハマリしたゲーム『ワクワクガールズ』を制作したゲームプロデューサーの三上がゲンを訪ねてくる。ヒット作を出せない三上を助けるために、ゲンと谷はボテを使ってゲームを作ろうとするが…「飛び出すな！へいたん娘」、魅努川温泉の廃墟ビルを爆破解体するためには２つの片付けなくてはならない課題があるという…「２つのボトルネック」、コロナにより仕事を失っていた岡本の元に傾いた社（やしろ）を修繕する仕事が入る。しかしそれは小高い丘の上にあり、すべての道具を人力で担ぎ上げなければならない難工事だった…「技量と力量」他。

掃除が価値を生み出す…そう言ってさくら商店街に売り込みを掛けてきたバリュバリュクリーニングの狙いとは…「商店街の秘訣」、古い倉庫の解体に参加したゲンは近所に住む老人からこの近くに防空壕があったという話を聞く。どうやらそれは解体中の倉庫の地下部分にあるらしい…「平和が一番」、ゲンは工事中のビルの屋上にこれまで見たことのない養生方法を見つける。その特許工法とは…「ケージシステムとは？」、ゲンたちはいよいよ魅努川温泉の廃墟ビル群の一斉爆破解体工事に挑む。しかし工事は長雨に悩まされ…「廃墟ホテル群爆破解体」他。

連載20年目に突入した『解体屋ゲン』はいよいよ節目の100巻！魅努川温泉の廃墟ホテル群の爆破解体はついに完結…「廃墟ホテル群爆破解体」、中国西南島の三葉リゾートマンション群で一緒だったウェンディと産業スパイの愛美が突然転がり込んでくる「二人の居候」、急接近する関根と秀美に焦りを感じる谷は自暴自棄に、一方内田はDRT（災害救助トレーラー）に建設業の未来を見出すがそれには谷の助けが必要で…「谷のピンチと内田のチャンス」他。