倉田製薬生体研究所へ侵入した虐殺の犬神は憎悪のままに研究所内の人間たちの蹂躙を開始する。この犬神との戦いで重傷を負った23だったが、犬神を止めるために史樹の制止を振り切って研究所へと向かうのだった。

想像を絶する変貌を遂げた犬神に銃を向ける史樹。傷ついた23を救うため、史樹は命を投げ出す覚悟をする。観察するように史樹を凝視しゆっくりと触手をのばす犬神だったが、腹部を貫かれてまで死を恐怖しない史樹の姿に未知の感情が湧き起こるのだった。

「人間になんて生まれてきたくなかった」23、そして犬神たちとの邂逅を経て苦悩する史樹を由梨子は優しく抱きしめる。一方、桐生は虐殺の犬神から得た鳥居のイメージから、『常世への門』を探し求める。

角のように触手を逆立て、史樹の名を呼ぶ小さな犬神たち。すでに崩壊の時は来てしまった。世界の終わりが近づいていることを感じ取り美伽は戦慄するのだった。

人間社会に潜伏し、虐殺開始のスイッチが押されるのを待つ『エイト』たち。そのスイッチを託されているのは23。史樹は、人間から遠い存在へと変質しつつあることを自覚しながら、23と共に『何か』に立ち向かおうとしていた。

あらゆる場所で一斉に姿を現し虐殺を開始したエイトたち。為す術なく増えていく犠牲者たち。全ての鍵は23、そして史樹。このまま人類は死に絶えてしまうのか!?

犬神を利用し、その歪んだ願望を叶えようと暗躍してきた桐生。娘・由梨子を『我が娘』と呼ぶ桐生の本当の目的とは!? 史樹と23はこの男の企みを阻止できるのか!?

桐生に操られたゼロが史樹を襲う!! 必死に応戦する23だったが、ゼロの触手が史樹のノドを掻き切ってしまう…!! 血を噴き上げて倒れ込む史樹。これで全てが終わってしまうのか!?

世界樹から噴き出したガスを吸い意識をなくした美伽たち。気がつけば『日常』の中に戻って来ていた。いつもと変わらぬ、しかし何かが違う穏やかな『世界』。果たしてここは一体…？

ついに直接対決する史樹と桐生。おぞましい怪物の姿に変わった桐生に対し、史樹は最も美しく最も強い存在・23に変貌する。決して終わることのない戦いが始まり、人類の未来、世界の全ては美伽の『想い』に託される。世界を救う美伽のひと言とは…？ 「犬神・改」電子版、最終巻。