東京都内で連続して起こる猟奇殺人事件。その人間離れした犯人の残虐性に、怒りの炎を燃やす警視庁捜査一課の面々だったが、若きエリート刑事・一条薫は、冷静に物事をみつめる「正眼の構え」で、捜査に臨んでいた。時を同じくして起こる、長野県・九郎ヶ岳遺跡の研究員惨殺。一見無関係な二つの事件をつなぐのは、「人間性」の介在しない、ある「生物」の存在だった――――。「平成仮面ライダー」シリーズの第一作として、以降のライダーシリーズの確固たる礎となった『仮面ライダークウガ』を、新たな地平を目指すべく新生＆新創出！

「俺、戦います！ 皆の笑顔を守るために！」長野県・九郎ヶ岳遺跡で突如目覚めた謎の生命体――通称「未確認生命体」は、東京に場所を移し無差別連続殺人を繰り返していた。警視庁捜査一課・一条薫は事件を追ううち、五代雄介という掴みどころのない青年と出会うが、捜査協力者であり五代の友人でもあった古代史研究に勤しむ沢渡桜子を、「未確認」に攫われてしまう。五代は桜子を救うため、謎の”包帯の男”から”あるもの”を受け継ぎ、異形へと変身を遂げる――！

「もしかしたら人間と未確認は、わかり合えるかもって」古代遺跡で目覚めた謎の生命体「グロンギ」――通称「未確認生命体」と戦うため、五代雄介は、異形の戦士「クウガ」へと変身を遂げ、警視庁刑事・一条薫とコンビを組み、彼の信念である「正眼の構え」を心に、２体の「未確認」を撃破した。同じ頃、警視庁に「未確認生命体対策本部」が新設され、一条の元同僚・駿河徹也が召集されるが……。「未確認」による「ゲゲル」と呼ばれる殺人ゲーム、そして、霊石の儀式の恐るべき「成果」とは―――！？至宝のテレビシリーズが禁断のクロスオーバーを果たし、たどりつく新・地平。「五代の変身」「ゲゲル」「メビオ」「津上雪菜」「トライチェイサー」「未確認生命体対策本部」「駿河徹也」「グロンギの源」、そして―――「アギト誕生」。

「大いなる石を以て、リントを守る。光の名は、アギトなり」階級上位の未確認生命体・バヂスにより、新たなゲゲルが始まる！同じ高校の生徒達を執拗に殺害する敵に、一条と共に立ち向かうクウガ。だが戦闘の最中、クウガの身に、ある異変が……!?さらにその頃、霊石から生まれた「アギト」が覚醒し、刑務所を脱走する――。伝説は進化を続け、さらなる未知の領域へと誘う!!

「犯人の名は、津上雪菜……。忘れようにも忘れられない名だ」一条が五代に明かす、妹・香里奈の心を壊した2年前の忌まわしき出来事。香里奈を含む7人の少女が犠牲になった、その不気味な誘拐事件の犯人として捕まったのが、津上雪菜―――。刑務所で“アギト”となった、渦中の女だった……！！伝説は因縁とともに絡み合い、予測不能の運命を紡ぐ……！！

「俺の中のみのりの笑顔が、もしこのまま消えてしまったら……」東京・渋谷で始まった、メ・ガルメ・レの殺戮（ゲゲル）。抗する五代は闘いの最中、クウガへの変身を、桜子と妹・みのりに目撃されてしまう――。最愛の兄が受け継いだクウガの使命を、みのりは妹として受け入れきれない。そんな矢先、ゲゲルは吉祥寺へと拡大するが、五代は、クウガに変身できなくなってしまう……！！

「俺、まだ、信じてないんです。五代の死を―――」バルバの策に嵌まり連続殺人の罪を被せられたあげく、“アギト”の運命を背負ってしまった津上雪菜は、弟・翔一と束の間の再会を果たしたが、その罪と仇を清算すべくバルバを追っていく。いっぽう、メ・ギノガ・デの死の接吻を受けた五代は、その猛毒に倒れてしまい……。

姉・雪菜の死によって“アギト”を背負ってしまった津上翔一は、その運命を受け入れられず自殺を図るが、すべてを知る駿河がこれを阻止。翔一は駿河の、ある目論見に巻き込まれていく……。いっぽうグロンギ側は、上級集団「ゴ」の面々が、殺人ゲゲルの進行役・バルバを呼び出し、“ゲリザギバス・ゲゲル”の開始を要請したが……。平成ライダーシリーズ“クウガ”דアギト”の、ケミストリー。

ゲゲルを放棄したグロンギ・ガリマと親交を深める五代雄介。そんな雄介の前に、アギトの力に飲み込まれ、暴走した津上翔一が現れる。さらには『ゴ』集団によるゲリザギバス・ゲゲルも始まり…!?“クウガ”דアギト”――二つの伝説は交錯し、禁断の火花を散らす!!

ガリマの確保に動く一条と、それを受け入れるガリマ、そして二人を信じる五代…。だが、そんな彼らの前に、ゲリザギバズ・ゲゲルを始めた最強階級のグロンギ“ゴ”であるバダーが、ガリマの粛清に現れる！五代とガリマは互いに正体をさらし、共にバダーに立ち向かうが…!?