突如、一条と駿河の前に姿を現した死刑囚・都沢聖子。アギトとなって戦う彼女の姿を見た一条たちは「未確認を倒す」という共通の目的のため、共に戦うことを決意する。一方、北海道ではゲゲルを放棄した『ズ』の者たちが卓真に疑いの目を向け始め、保身のために彼を亡き者にしようと画策していた。

クウガ不在の中、好き放題に暴れる悪質極まりないゴ・ガエラ・レに対し、三度目の戦いに挑む一条たち。その姿からは想像もつかぬ俊敏な動きで翻弄してくるガエラに対し、勝機は掴めるのか！？一方、ガドルが暫定の『ン』になったことで焦りを覚えるゴ・バベル・ダのゲゲルが始まった。その余りにも凄惨で無慈悲なゲゲルに五代と津上はーー！？

孤島で繰り広げられる“ゴ・バベル・ダ”による凄惨なゲゲル。それを阻止せんと二人がかりでバベルとの戦いに臨む五代雄介と津上翔一。さらに、ドルドにより連れられた新たなアギト・狭山も参戦。「ゲリザギバス・ゲゲル」と「ガギション・ゲゲル」の舞台となり混戦を極めることとなった孤島で最後に立つ者はーー!?

「私の名前はゴ・ジャーザ・ギ。私は本日よりゲリザギバス・ゲゲルを始める」クウガとアギトを退け、ゲゲルを完遂させたことで『ン』への挑戦権を得たゴ・バベル・ダは、暫定で『ン』の座につくガドルへと挑む。一方、新たなフォームを得て、その力を磨くべく訓練に励むクウガとアギト。その陰で人間に混ざり主婦として生活をしていたゴ・ジャーザ・ギが新たなゲゲルを始めるべく動き始めていた。

老人と怪我人のみを狙うという、卑劣なゲゲルを開始したゴ・ジャーザ・ギ。そのゲゲル遂行すべく老人ホームへと訪れたジャーザに怒りを爆発させるクウガだったがジャーザの意外な行動に一つの疑問を持つこととなるがーー！？一方、高熱で倒れた津上翔一を見舞った都沢聖子だったが、彼女が目にした津上の変化は予想を遥かに超えたものだった。

ゲゲルが開始されたにも関わらず 人間を殺めることを拒むゴ・ジャーザ・ギ。 だが、卓真の力を目の当たりにしたことで グロンギとしての本能を取り戻した彼女は 無慈悲な虐殺を開始してしまう。 グロンギに芽生えた人間性に希望を見出していた五代は その期待を裏切られたことに落胆し、 再びジャーザと対峙するのだった。

グロンギであることを捨て、人間として懸命に日々を生きる月野正。 そんな彼の前に現れた新たな“希望”とはーー！？ 一方、陸上大会で見事に優勝を果たした少女の前に立ちはだかる謎の男。 そこから起こり始めた残虐な事件の数々に翻弄される一条。 謎の男の正体は、ゲゲルを開始したばかりの【ゴ・ジャラジ・ダ】だった。

クウガの前に立ちはだかる、究極の「闇」。「ゴ・ジャラジ・ダ」による卑劣かつ凄惨なゲゲルが行われる中、 月野たち「リヒト」は人間に自分たちの存在を認めさせるべく、グロンギと戦うことを決意する。 一方、久しぶりの再会を果たす香里奈と卓真だったが、そこにジャラジが現れたことで ”考え得る最悪の事態”が発生してしまうのだったーー。

駆けるライジングマイティ、怒りの一撃！！圧倒的な存在である「ン･ダグバ･ゼバ」を前にし、変身はおろか、動くすら出来なかった五代と津上。ダグバが自ら姿を消したことで事態は一旦の収束を迎えたがその矢先に「ゴ･ジャラジ･ダ」が雀荘に現れたとの連絡が入りーー！？【ゴ･ジャラジ･ダ編】ここに完結！！！

いま再び始まる、クウガ vs アギトの戦い!!津上翔一から都沢聖子にうつされた霊石の力は異常な暴力性として発露し、彼女の心身を蝕んでいた。そんな矢先、元グロンギの友井が聖子の前でその正体を現してしまったことで、新たな波乱が巻き起こるのだったーー。