ついに開幕した春のセンバツで、再び甲子園にやってきた鷲ノ森高校野球部。１回戦で岡山光輪を相手に猛打を爆発し、鷲ノ森は圧倒的勝利をおさめる。しかし野球部部長・平泉（ひらいずみ）は、クロカンこと黒木竜次（くろき・りゅうじ）の曇った表情が気にかかっていた。準々決勝まで順調に勝ち進んだ鷲ノ森高校だったが、クロカンは今度の宇部電波との試合は一筋縄ではいかないことを感じ取っていた…。「ビクともしねえ！」――。

春のセンバツ、準々決勝で宇部電波から２点リードで８回裏まで進んだ鷲ノ森高校野球部だったが、宇部電波の反撃でノーアウトフルベースのピンチに陥ってしまう。クロカンこと黒木竜次（くろき・りゅうじ）は、選手達がこの危機を乗り越えることを信じ切っていた。しかしサード大竹（おおたけ）のミスから、鷲ノ森ナインに異変が襲いかかってきて……!?　春のセンバツの結末は……!?　「こんなところで沈んでたまるか！　行くんだ前へ！　渡り切るんだ！」――。

夏の準決勝で、桐野高校を破った鮎登川高校と対戦することになった鷲ノ森高校野球部。“坂本二世”と呼ばれる鮎登川のエース・大河原（おおがわら）の投球に、すっかり圧倒されてしまう鷲ノ森ナイン。７回裏で鮎登川に先制され、９回表ツーアウトまで追い詰められた鷲ノ森高校だが、クロカンこと黒木竜次（くろき・りゅうじ）は代打に、気分屋の久賀（くが）を送り出す。クロカンの狙いとは……!?　「坂本二世なんて存在するはずがない！」――。

常洋大鴨原との試合でリードされてしまった鷲ノ森高校野球部。自分のオーダーミスを棚に上げて、選手達を責めるクロカンこと黒木竜次（くろき・りゅうじ）。選手達は反発し、野球部部長・平泉（ひらいずみ）は自分が指揮をとると宣言してしまう。甲子園がかかった決勝戦で、クロカンなしで勝つことができるのか!?　そしてチームが分裂して自滅する危機を救ったのは、キャプテン・備前（びぜん）であった。「俺は諦めない！　絶対に負けない！」――。

鷲ノ森高校野球部にとって最後となる甲子園。その１回戦で激突するのは、春のセンバツ優勝校を破ったセント・ジョーンズ学院。クロカンこと黒木竜次（くろき・りゅうじ）は、先発でキャプテン・備前（びぜん）に投げさせるが、脅威の外国人パワーに先制点を奪われてしまう。しかしクロカンは、セント・ジョーンズの投手・バークレーの投球数に勝機を見出していた…。「おめえらと俺達じゃな…、くぐり抜けてきた修羅場の数が違うんだよ！」――。

甲子園準々決勝、聖峰学院対鷲ノ森高校。高校時代にバッテリーを組んでいた森岡（もりおか）と、因縁の監督対決をするクロカンこと黒木竜次（くろき・りゅうじ）。体調がすぐれないキャプテン・備前（びぜん）を交替させたクロカンだったが、その直後に聖峰学院に先制点を取られてしまう。すべての運が森岡へと降りそそいでいるのか!?　鷲ノ森の最後のバッター・桜木（さくらぎ）が空振り三振で試合終了…と思われたのだが……!?　「こっちは地獄を彷徨い続けてきたんだ」――。

いよいよ甲子園決勝、岡添（おかぞえ）監督が率いる京陽森岡と対決する鷲ノ森高校。京陽森岡のエース・江崎（えざき）に、ペースを崩されて苦戦を強いられる鷲ノ森は、サヨナラ勝ちされそうになるが１ミリの攻防でピンチを脱する。クロカンこと黒木竜次（くろき・りゅうじ）は、キャプテン・備前（びぜん）にすべてを託して……!?　優勝するのはどちらだ!?　「こっからは頭　空っぽ…、バカでいこうぜ…」――。血と汗と涙のクロカン野球、感動の完結!!