ミコト・オーキッドは、毎日のようにみてしまう悪夢に悩まされていた。しかも彼女には過去の記憶がない。本当の自分を知るため、外に出てしまうミコトだが、そこには衝撃の秘密が隠されていた・・・！

二人の人物が現れ、夢での記憶を思い出し、混乱してしまうミコト。だが、彼女の予想とは裏腹に想定外の展開が待ち受けていた。一方ケンジは仲間が重傷を負っていることに気付き現場に向かうが、そこには新たな敵が待ち構えていた。

ミコトと仲良くしていたヒロセ。だがその正体は、ミコトの命を狙うスパイだった。本来の姿でミコトの前に立ちはだかるが、彼女はそこで微かな記憶を思い出す。

予想だにしない事態を察し、逆上する０１。ついに能力を開放させ、ミコト達に攻撃を仕掛けるのだが、ミコトは何とかその場から脱出。激しい戦闘の中、意外な人物が０１に打撃を与えてしまう。

その場からなんとか逃げきる事ができたミコト達。だがミコトは、自分が敵から命を狙われている理由を知らずにいた。そんなミコトに、０２は重い口を開く。ミコトの正体が今明かされる。

自分が命を狙われている理由を知ったミコトだが、それは、母親ミナの行動が深く関係していた。驚きを隠せないミコトだったが、その瞬間、ある怪物がミコトと０２に襲い掛かろうとしていた。

現れた怪物に驚きを隠せないミコトと０２だが、危機的状況の中、ミコトの仲間であるミナが駆けつけてくる。なんとかその場から皆を救出させようと動き出すミナだが、彼女には誰にも言えない秘密があって…

ミルに異変が起きた事を機に、シェルターから出た事で罪悪感を感じるミコト。01の激しい火の渦に巻き込まれそうになるものの、そこでミコトはある事を思い出すのだった。

記憶を取り戻したことで、本来の力を開放したミコト。だがヒロセはその姿を見て、ミコトの命が危ない事を悟るのであった。一方０２はミルを連れて別のエリアに移動するのだが、彼女の身体はすでに限界で・・・

自身の力が暴走したことで、生死を彷徨う事になったミコト。その中で、ミコトはある精神世界へと意識を飛ばされてしまうのだった。そこで彼女が出会ったのは、意外な人物で・・・