ガルマが死にシャアが消えた、その後の北米にて――。　宇宙世紀0079。地球連邦軍所属の兵士・ナナオは、着任を前に行方不明となった新隊長の行方を捜していた。その名は“レオ・バルナーク”。ジオン勢力圏へと不時着してしまった彼は、一体どこへ――。危険を冒して新隊長の行方を追うナナオたち小隊メンバーだったが、ジオン軍と会敵、絶体絶命の窮地へと追い詰められる。しかし、そこに現れたのは――!?　本格一年戦争ミリタリー開幕!!

錆びついた地平線を背に、漆黒の悪魔が牙を剥く――。　類稀な指揮能力によりダムを占拠するグフを排除した新任隊長、レオ・バルナーク。戦功をあげ続けるバルナーク隊は次なる任務、物資輸送の生命線とされる鉄道基地の防衛を任される。一方、ジオン軍が有する黒きガンダム、通称“RUST（ラスト）”がついに始動。漆黒の悪魔の力が戦場に破滅をもたらす――!?

戦場を支配する漆黒の悪魔に、引導を渡せ――。　地球連邦軍の鉄道基地・フラグスタッフの防衛戦は熾烈を極め、劣勢を強いられるレオたち。さらに本部からの増援が断たれてしまい、戦況は最悪の方向へ…。そんな中、レオは僅かな手掛かりから“RUST（ラスト）”の装甲に潜む弱点を見抜く。紙一重の攻防を経て、レオたちは起死回生の一手を放つが――!?

亡き友の為、選択の瞬間（とき）が迫る――!!　極秘任務・エッシェンバッハ元市長亡命作戦に向け、ジオンの占領下にあるハリウッドに潜入したレオたち。そこでレオは“RUST（ラスト）”のパイロットであるレミアと運命的な邂逅を果たす。レオの素性を知らないレミアはジオン兵に追われている彼らの逃亡を手助けしてしまうが――!?　さらに元市長の亡命を察知したジオン軍はこれを阻止する為、新たな作戦を展開することに!!　緊張が走る合流地点（ランデブーポイント）、その静寂を破るのは――!?

四面楚歌へと陥った孤独な少女、最前線（フロントライン）を越えて――。亡き友の復讐を果たすため、“RUST（ラスト）”を強奪しキャリフォルニアベースから脱走したレミア。彼女は助けを求めて無政府主義者が集う町へ向かうが、その道中には連邦の罠が待ち受ける！　さらにジオンの追っ手も参戦し混戦と化す戦場。そして、遂に敵としてレオと再会してしまう事に!!　眼前に佇むのは真の敵か、それとも――!?

運命を変えた真の仇敵、“赤い彗星”始動――。　ジオン軍から脱走し両軍からの集中砲火を浴びる最中、レオと共に崩落した地下空洞に閉じ込められてしまったレミア。その中でレミアはイセリナを戦場へと駆り立てた「本当の仇」を知り、敵として再会したレオと一時休戦することに。二人は情報を集めるため無法者たちが集う「存在しない筈の町」を訪れることになるが……!?　さらに激化するイセリナ争奪戦。そこには、あのジオン軍の英雄“赤い彗星”の姿も……!?