支配したいDomと、Domの命令に服従したいSubの第二の性が存在する世界。DomとSubの生徒が通う帝名学園男子部で、倉科は誰もがうらやむエリートDomの次期生徒会長だ。授業以外では”実技（プレイ）”をしたくない倉科は、ある日同じクラスのDom・羽柴に「お前Subだよ」と告げられて――!?　Dom/Subユニバース×学園生活！　放課後は、2人きりで甘い命令を。【第1話】

DomとSubの生徒が通う帝名学園男子部で、ある日同じクラスのDom・羽柴に「お前Subだよ」と告げられた倉科。羽柴とのプレイ以来、自分の中に芽生えた「もっと支配されたい」という欲望に戸惑っているうちに、体育祭が始まり――。不良Domに囚われた倉科は、否応なく自身がSubであることを自覚させられる――！　Dom/Subユニバース×学園生活！　放課後は、2人きりで甘い命令を。【第2話】

放課後の空き教室、羽柴とのプレイに耽る倉科。こんなに気持ちいいのは、俺がSubになってしまったから――。そう言い聞かせていた倉科だが、羽柴と行ったスイーツカフェで、否応なく実感させられてしまう。甘やかすように触れる大きな手が気に入っていること、プレイじゃなくても、キスがこんなに気持ちいいってことを――。Dom/Subユニバース×学園生活！　放課後は、2人きりで甘い命令を。【第3話】

羽柴は倉科との出会いを思い出す。病院の待合室で、Dom/Sub検査の結果を待っていたときのことを――。いっぽう倉科は、羽柴の優しさが誰にでも分け隔てなく与えられるものだと感じていた。俺だけが特別じゃない、そんなのわかっているのに――。すると修学旅行の夜、布団に羽柴が入ってきて――!?　本音を言える、コマンドをくれよ。Dom/Subユニバース×学園生活！　放課後は、2人きりで甘い命令を。【第4話】

「倉科はDomと偽ったSubである」――生徒会長選直前に、何者かに秘密を暴露された倉科。揺らぐ倉科に、羽柴は幼少期のあるできごとを語り始める。どうしてももう一回会いたかった――羽柴の切実な思いを受け、倉科は全校生徒の前で何を語るのか。Subである自らを受容した倉科に、羽柴が与えたコマンドは――。Dom/Subユニバース×学園生活がクライマックス！　放課後は、2人きりで甘い命令を。【第5話】