大賢者の能力を宿したまま赤ちゃんに転生した大賢者アリストテレウスは、禁域の森で神獣フェンリルと対峙することになった…。しかしその最中、突如神獣フェンリルは凶刃に倒れ、この禁域の森での魔族の謀計がレウスの前に明らかになる…!!神獣フェンリルと魔族との因縁、そして「魔神戦争」の秘密がついに明かされていく…!!

大賢者の能力を宿したまま、赤ちゃんに転生したアリストテレウス。仲間たちと共に魔剣の行方を追い、魔剣が封印されていたという海底神殿を目指していた。だが旅の途中、エルフの少女・リューナと出会い、聖樹ハイフォードが“動く巨木”によって滅びの危機にあることを知る。彼らは魔導飛空艇セノグランデ号に乗り込み、厄災の迫る聖樹へと向かう…!!レウスたちと魔導船がたどり着く先に待つのは、聖樹の救いか、それとも──。

大賢者の力をその身に宿したまま赤ん坊へと転生したアリストテレウスは、仲間たちと共に、聖樹ハイフォードを脅かす“動く巨木”へと立ち向かう。聖樹ハイフォードを脅かす“動く巨木”との激闘の中、その奥底から姿を現したのは、かつて勇者リオンが「人類は決して勝てないだろう」と恐れた魔族だった。「守るべき物がある魔族」　信念のためなら退かぬその力に、レウスたちは窮地へと追い込まれ、ファナやアンジェの心は揺さぶられる…!!果たしてレウスは、仲間を信じ、大賢者の叡智をもって、この新たな敵を打ち破ることができるのか…!?

その身に大賢者の魂を宿し、赤子として転生したアリストテレウスは、海底神殿に封印されていたはずの魔剣の行方を追っていた…。誰が、何のために──？レウスと仲間たちは、封印を破った“黒幕”を突き止めるために、魔導飛空艇セノグランデ号で遥かなるカロス海へと飛ぶ。海底神殿の防御網を突破した彼らを待っていたのは、驚愕の再会。赤子の姿となったメルテラだった…!!彼女が告げる、犯人の在り処──それは、アリストテレウスの叡智を封じた大賢者の塔…。新たなる舞台で、運命の歯車が大きく動き始める──!!

かつてその叡智ゆえに「大賢者」と称えられたアリストテレウス。死の間際、彼は自らの知識と魔力を魂に刻み込み、長い時を経て赤子の姿に転生する。だが転生した世界では、彼がかつて大賢者の塔に封印したはずの禁忌指定遺物が、世界中へと流出していた…!!なぜ封印は破られたのか!?　真相を確かめるため、新たな仲間とともに大賢者の塔へ向かうレウス。しかしそこで彼を待っていたのは──かつての弟子たちだった…!!彼らの狙いは、世界を滅ぼすことすら可能な魔法兵器「破滅の閃光」。世界の命運を懸けた、新旧弟子たちの戦いが今、幕を開ける──!!!