日本には、闇のスパイ機関が存在する――…!!陸上自衛隊の精鋭部隊・特殊作戦群に、訓練ばかりの日々に飽きた一人の女性隊員がいた。ある日上官の命を受け、とある駐屯地に向かった彼女は、謎の男から『別班』という部隊にスカウトされる。与えられた名前は“ナナ”。そして彼女は、数多の策謀と暴力に彩られた国家防衛戦の最前線へと身を投じることになったのだった…。法と名を捨てた者たちよ、“スパイ天国”日本を守れ。予測不能のハイスピードスパイアクション、開幕!!

【Mission:最凶のスパイを捕獲せよ！】鬼山組長邸での戦闘を経て、ナナ達別班は、軍事機密情報が記された極秘文書・“X文書”を狙っているスパイの正体にたどり着く。その正体は、かつてアメリカの特殊部隊をも返り討ちにしたという、ロシアの大物スパイだった。その男を捕獲するため、別班は、全班員を動員した大規模作戦を実行する。血みどろの諜報戦を制すのは誰だーー!?陸上自衛隊に存在するといわれる闇の諜報機関を描いた怒涛のスパイアクション、第２巻！

「俺の諜報戦、見せてやるよ」元別班長はアメリカに反旗を翻す。己の責務を果たすために。ナナの決死の反撃により、ついに”X文書”を狙うロシアの大物スパイ・イワンを捕らえた別班。しかし、その代償はあまりに大きかった。市民に多くの死傷者を出し、さらには別班の怪物・ハチが頭部を撃ち抜かれ、記憶を失ってしまう。レイの無謀な作戦によって日本の平和が脅かされていると危機感を抱いたヒフミは、国防のため、レイとアメリカを相手に諜報戦を挑む！陸上自衛隊に存在するといわれる闇の諜報機関を描いたスパイアクション、第３巻！

自分達の想い、そして日本の平和さえももてあそんでいたレイを、ついに撃破したナナとハチ！しかし、レイによって召集された米陸軍最強の一角・”デルタフォース”の猛攻により、状況は次第に悪化していく。孤立無援の中でナナが見出した、たった一つの突破口とは…!?──その一方。日本から遠く離れた異国の地では、新たな戦場とかつての恩人が、ナナを待ち構えていた。陸上自衛隊に存在するといわれる極秘諜報機関”別班”を描いたスパイアクション、第４巻！

「かつての信頼関係を利用して敵組織を破壊しろ」ナナの命の恩人・大和シンジを暗殺する任務を受けた、新生「別班」。アフリカ・コンゴにて私兵部隊「武装勢力狩り」として活動する中、ある町で３人組のストリートチルドレンを助け、親しくなる。だが彼らの正体は、大和率いる武装勢力「FDLT」の精鋭子ども兵だった！ナナ達を強襲してきた別の武装勢力を、彼らはチェーンソーや日本刀でたやすく一掃してみせる。正体を偽り接近してきた、子ども兵達の狙いとはーー。

ナナ達別班が大和シンジの傘下に加わり、より勢いを増した「FDLT」。その壊滅をもくろむ武装勢力・「自由宣言連合」と「ウンヴァラバ」の奇襲により、FDLTのアジト・アフリカン九龍城砦は、熾烈な戦いの舞台と化していた。素顔と秘密を晒したロシェルは、因縁深い「口裂け狂戦士」と対峙し、ハチは、白兵戦最強と謳われるウンヴァラバ、その族長と激突！一方、子ども兵達を救出しようと奮闘するナナ達別班はある「死角」を突かれ窮地に陥ってしまう。混迷極まる戦況の中、ナナは望んだ結末を掴み取ることができるのかーー!?

大和シンジを討つべく、「切り札」を使いアフリカン九龍城砦全体に奇襲をかけたナナ。作戦は成功したかに思えたが、大和は紙一重で攻撃を回避し、「小さな怪物」として覚醒したロシェルと共に、ナナ達に襲いかかってきた！愛する大和のため、容赦なく猛攻を加えるロシェルに対しひたすら防戦に徹するハチ…。一方ナナは、利き腕と足に深手を負いながらも、大和との一騎打ちに挑む。かつて命を救われた者と救った者、最後の戦いのゆくえとはーー!?

ひとりの少女の献身により、大和シンジが作り上げてしまった王国・“FDLT”は無事解体された━━。任務を達成したナナたち別班は、新たな班員と共に、秘匿研究所「指揮官の檻」へ。ジャックマンと再会し、ハチの定期検診を行なっている最中━━突如、爆発により研究所の壁が崩壊。ロシア語を話す女が率いる正体不明の部隊が侵入し、研究所は過酷な戦場へと一変する。現れたのは、ハチとナナにとって、存在しないはずの最悪の”天敵”だった━━。自衛隊に存在するといわれる闇の諜報組織「別班」を描いたスパイアクション第８巻！

GRU・オリガ、傭兵・「鴉」らにより襲撃された、秘匿研究所「指揮官の檻」。４体のGRS《ジーンリッチソルジャー》の猛攻をしのぎ、機転によって一度は劣勢を覆したナナ達別班だったが、作戦の急所を突かれ、全滅の危機が迫る…。一方、研究所に収容されていたアリョーナを奪還し再び自由を得るため、ついに「あの男」が動き出す。アメリカの犬となったはずの男が投じた、世界を混乱に陥れる最凶の一手とは。自衛隊に存在するといわれる闇の諜報組織「別班」を描いたスパイアクション第９巻！