1333年、鎌倉――。幕府の後継として生きるはずだった少年・北条時行は突然の謀反で故郷も家族も全て失う。しかし時行は、生き延びることに関しては誰よりも秀でていた。信濃国の神官・諏訪頼重に誘われ、少年は逃げて英雄になる道を歩み始めた！

北条家の生き残りを捜す信濃守護の小笠原貞宗が、諏訪大社の催し「犬追物」に乱入！　半ば強引に弓矢勝負を仕掛けられ、直接対決に挑むことになった時行だが、貞宗の弓術は達人級の腕前である…。容赦ない猛攻を躱しながら、時行は反撃する術を編み出せるのか――！

諏訪領、北の国境で 瘴奸率いる悪党が非道な侵略を開始し、大人は皆殺しにされ、幼子だけが村に残されていた。時行は二刀使いの青年・吹雪と出会い、彼の緻密な策略で悪党の追撃を凌いでいたことを知る。時行の逃げ上手に着目した吹雪は、敵大将を討ち取る奥義を授ける…！

後醍醐天皇が送り込んだ国司・清原信濃守の圧政に耐えかねた諏訪神党・保科弥三郎は勝ち目が無いと知りながら反乱の兵を挙げる。保科党を止めようと説得に向かう時行だったが、戦場で散ることを美学としている武士たちに時行の声は全く届かないまま、開戦してしまい…？

小笠原貞宗に北条の重臣ではないかと疑われた時行は、一対一の舌戦に臨む。正体を明かすわけにいかない時行は射抜かれる言葉の矢を巧みに躱すも、補佐役・市河の登場で事態は急変して…？　さらに後醍醐天皇の命により信濃各地で再び動乱が渦巻く！　天下を取り戻す前哨戦へ突入する！

神の座を継いだ頼重の孫・頼継に諏訪大社内での居場所を賭けて鬼ごっこ勝負を挑まれた時行！　妨害部隊の猛攻を躱して傍若無人な神様にお灸を据える!?　その後、北条泰家の手引きで京に赴いた時行達は、身分を隠して華やぐ大都会の文化を堪能するも、神力を宿す少女・魅摩との双六対決で早々、窮地に!?

泰家が明かした帝殺しの計画を受けて脱出経路を調べる時行は、偶然にも軍神・楠木正成と邂逅する。帝の側近である彼から逃げの極意を学び取るため時行は単身、楠木邸に足を踏み入れる！　さらに、足利尊氏に接近できる最大のチャンスが到来！　時行たちは吹雪が考案した策の下、尊氏暗殺計画を決行する…！

鎌倉奪還に向けて兵を挙げた諏訪神党は因縁の小笠原軍と対峙する。幾度となく戦ってきた神出鬼没の知将・瘴奸との最後の戦い。信濃の両雄、貞宗と頼重の直接対決。民を苦しめてきた悪徳国司・清原が繰り出す最終兵器…。長きに渡る潜伏から数々の激闘の末、ついに時行が日本中に向けて名乗りを上げる!!

北条本家の嫡子であると名乗りを上げた時行に、鬼気迫る小笠原貞宗が単騎急襲を仕掛ける！　信濃を発つ前に本気の貞宗の猛追を躱せるのか!?　一方、時行らの鎌倉進軍を知った足利直義は関東庇番衆を配備して迎え撃つ。一番組筆頭・渋川との衝突を皮切りに、個性派揃いの強者達との戦いが幕を開ける――！

様々な奇策が投じられ、女影原の戦いは激しさを増していく。弧次郎と庇番衆・渋川の一騎討ちをはじめ、強敵・岩松や石塔との激戦も完全決着！　そして間髪をいれず、時行一行の前に立ち塞がる新たな庇番衆！　馬と共に戦場を駆ける今川、人造武士を操る上杉…。恐るべき力を目の当たりにした逃若党の対抗策とは――!?