幼い頃から軍人として最前線で魔物と戦い続けてきた、「現役１位」にして世界最強の魔法師アルスは平穏な生活を望み16歳という若さで退役を申し出る。しかし軍が易々と彼を手放す訳もなく、交換条件として身分を隠しつつ一般生徒となって魔法学院に通う事に。果たしてアルスの隠遁計画の行く末は――…。

魔法学院に通う世界最強の魔法師アルス・レーギンは理事長に促され、クラスメートのテスフィアとアリスに魔力をコントロールする術を教える事に。当初、あまり他人に関心を示さなかったアルスだったがひたむきに練習を重ねる彼女らに少しずつ心を開いていく。そんなアルスの前に、軍から派遣された謎の少女、ロキが現れる。アルスに対し強い想いを抱くロキだが、二人の関係とは一体――…。

アルスのパートナーとしてロキが加わった。テスフィアやアリスとも打ち解けてまた少し賑やかになった学園生活。そこへ突如、全校生徒へ魔物の討伐を目的とする課外授業が言い渡される。初の試みに戸惑う生徒達。外界で待ち受ける危険にテスフィアとアリスが立ち向かう――!!

混乱が広がる課外授業。監督者の暴走により危機にさらされるテスフィアは班のメンバーを守る為、高レートの魔物に果敢に挑む！そして、アリスの謎に気付くアルス。彼女の壮絶な過去とは――…。

少数の者しか会得していないはずの光系統魔法を操る謎の魔法師達！彼らの出現の裏には、子供を利用した非人道的な研究により指名手配中の科学者、グドマが関わっていた。総督の依頼でグドマの調査に出たアルスだが、彼の前に謎の魔法師達が立ちはだかる――！

実験体魔法師『ドールズ』による学院襲撃を企てたグドマ。軍上層部はグドマを含む『ドールズ』殲滅作戦を進めるも彼の目的が掴めずにいた。そんな中、アリスの目の前に研究所時代に実姉の様に慕っていたメリッサが現れる――。

グドマの下へと辿り着いたアルス達。しかしそこには200人ものドールズと共にグドマに洗脳されたメリッサが待ち構えていた！多勢に無勢な状況を打破すべく、アルスは自身の持つ異能【暴食なる捕食者（グラ・イーター）】を解き放つ!!この戦いの行く末は…。果たしてアリスはメリッサを救えるのか…。グドマ編、いよいよ完結!!

グドマの一件が片付いたアルス達は７か国の魔法学院の生徒が魔法を競い合う『７か国親善魔法大会』に参加する事に。しかし、それと時を同じくして外界にSSレート級の魔物が現れる！各国首脳による会議の結果、アルスをはじめとするアルファの精鋭部隊が偵察へ向かう事となるが――…。

『７か国親善魔法大会』開幕!!親友同士であるアリスとテスフィアがお互いの実力をぶつけ合う！そして【操り人形の舞台（オルケーシス）】の異名を持つフェリネラの実力とは…。一方、外界に現れたSSレート級の魔物『悪食（あくじき）』との戦闘を続け討伐目前に迫るアルス達だったが、『悪食』がその真の姿を現す――…！

強敵『悪食（あくじき）』との激戦の末、抑え込む事に成功するアルス。しかし、悪食は最期に大規模な自爆を図ろうとする…！【暴食なる捕食者（グラ・イーター）】で悪食の魔力を食い尽くし爆発を食い止めるアルスだったが、悪食の膨大な魔力によって爆発的に育ち制御を失ってしまった【暴食なる捕食者】は次なる餌として、その牙をアルスに向ける…!!最強魔法師の物語、ここに完結―――!!!!