新西暦と呼ばれる時代。人類の本格的な宇宙進出から２世紀近くが過ぎていたが、人々の生活そのものは２１世紀初頭とさほど変わっていなかった。それは、２つの隕石の落下による被害と混乱のため、人類の進歩が一時的に停止したからだった。そして、新西暦１７９年。３つめの隕石“メテオ３”が、南太平洋マーケサズ諸島沖に落下。地球連邦政府による調査の結果、その隕石は人工物であり、人類にとって未知の物質と技術の情報が封印されていた。それらは“ＥＯＴ”と称され、“ＥＯＴ特別審査会”と“ＥＯＴＩ機関”による厳重な情報管理の下調査が進められた。そしてＥＯＴＩ機関の代表者、ビアン・ゾルダーク博士は、研究結果から地球外生命体による侵略の危機を示唆。それを受けて、人型機動兵器、通称“パーソナルトルーパー”の開発が開始された……。

地球連邦軍極東支部・伊豆基地所属のパイロット、キョウスケ・ナンブは上テスト飛行中の事故の責任を負うという建前で、北米支部・ラングレー基地のＡＴＸチームに転属される。豪胆な武人気質の隊長、ゼンガー・ゾンボルトの下で強襲用人型兵器開発計画（通称：ＡＴＸ計画）に携わることになったキョウスケは、試作パーソナルトルーパー、アルトアイゼンの専任パイロットを務めることになる。一方、地球に飛来した“メテオ３”に秘められた未知のテクノロジーと情報から、異星人、エアロゲイターによる侵略の危機を訴えていたビアン・ゾルダーク博士は、ディバイン・クルセイダーズ（ＤＣ）を結成異星人に地球の主権を渡そうとする地球連邦政府に反旗を翻す。ＤＣとの戦いに投入されたＡＴＸチームの前に、死んだはずのゼンガーが立ちはだかる！

地球に飛来した巨大隕石“メテオ３”。そこに封じられた未知の技術情報から、ビアン・ゾルダーク博士は、異星人による侵略の危機を訴えていた。だが、政府首脳の異星人に地球の主権を渡そうとする動きに反発し、博士は自らを総帥とするディバイン・クルセイダーズ（ＤＣ）を結成し、連邦政府に反旗を翻す。キョウスケが所属するＡＴＸチームもＤＣ戦へと投入される。そんななか、ＤＣに下り、彼らの前に立ちはだかった前隊長、ゼンガー・ゾンボルトとの激闘を制したキョウスケは、起死回生のためＤＣの本部があるアイドネウス島への強襲作戦に参加する。遂にＤＣを撃破した彼らだったが、束の間の平和を享受する間もなく、異星人、エアロゲイターによる地球侵攻が開始される－－。

ディバイン・クルセイダーズの壊滅により、平和が訪れたかに思われたが、かねてよりＤＣ総帥ビアン・ゾルダークが訴えていた異星人、エアロゲイターによる地球侵略が遂に現実となる。圧倒的な力を前に連邦軍は絶望的な戦いを強いられるが、敵は意図的に軍事基地の破壊を避けるなど、その動きは明らかな違和感が存在した。キョウスケらＡＴＸチームは同じく連邦軍のＳＲＸチームと合流し、エアロゲイター戦に備えていたが、ＳＲＸチームの隊長、イングラム・プリスケンは、自身がエアロゲイターのスパイだったことを告白し、エクセレンとクスハをさらって、敵の本拠地である惑星型要塞、ホワイトスターへと帰還する。しかし、ホワイトスター攻略の準備をすすめるキョウスケらの前に現れたのは、エアロゲイターの手先となったふたりだった……。

エアロゲイターから、エクセレンとクスハを救出したキョウスケらは、遂にホワイトスター攻略作戦「オペレーションＳＲＷ」に、その作戦ン最後の要として参加する。幾重もの攻撃の末、ホワイトスター内部に到達したキョウスケらを待ち受けていたのは、レビ・トレーラーを名乗るエアロゲイターだった。彼女は、エアロゲイターの目的が地球人を彼らの尖兵と化すことであることを告げる。彼女の言葉を退けるキョウスケたちは、最後の戦いの末に驚愕の真実を知ることになる。