千年前の大戦によって砂漠化した世界。「水の国」第1砂漠で、“聖霊水（ヒュドラ）”と呼ばれる水の獣を狩って生きる狩人の少年・マオは、ある日、オアシスで拾った古代遺物から行方知れずとなっている父親の言葉を聞く。それは、この世界の起源となった地へ誘うものだった。少年は父の背を追い旅立ちを決意する。まだ見ぬ“第9砂漠”を目指し――!!

「起源の国」第9砂漠を目指すマオは、遭難していたカナリアと共に、彼女の故郷である第2砂漠へと向かう。その場所は、「特級天使（アマルハマル）」と呼ばれる存在に守護された空に浮かぶ国であったが、特級天使を動かせる「歌姫」の不在により、崩壊の危機に瀕していた。そんな中、二人は第2に辿り着くが…!?

カナリアと共に第2砂漠を後にしたマオは、次なる目的地「火の国」第3砂漠を目指す道中で、父親のことを知る「尊（みこと）」と名乗る男に出会う。マオたちの仲間になると言う尊の目的に疑問を抱く中、3人は第3砂漠へ到着。そこでの任務は、特級炎晶（ウルメリア）に住む権利を奪い合っている3人の王候補のうち、誰か一人に協力して勝利に導くことで…!?

特級炎晶（ウルメリア）に住む権利の争奪戦が続く中、王候補の一人、琳紅玉によって送り込まれた裏切り者たちが、ルールを超越し戦況を攪乱！　不穏な気配に気づいたマオたちは、王候補・クマドを勝たせるべく「剣の王」勢力と衝突。第3砂漠での戦いは最終局面に突入する――!!　さらに、尊（みこと）がマオの父、そして世界の起源・“第9砂漠”についての衝撃の真実を語り…!?