グランドキャニオンの戦いから三週間、死んだと思われていた涼の幼なじみ・カツミは、グリーンの屋敷に住まわされていた。グリーンは正体を隠し、涼をエグリゴリの魔の手から救うことを彼女に誓う。一方、沈黙を守っていた涼たちは、エグリゴリに対し反撃に転じる。

李は涼たちの捕虜となっているティリングハースト博士から、エグリゴリの数々の謎を聞こうとする。博士は情報と引き換えに、植物状態の武士の体を実験材料として使うことを要求する。武士を救うためには博士に調べてもらうしかないと考えた涼は、その条件をのむ。

依然植物状態のまま、エグリゴリの中枢・アリスの世界に迷い込んだ武士は、そこで騎士（ナイト）と名乗る男と遭遇した。騎士は「汝が勇気を持つ者なら、我とともに来たれ。悪しき者たちの王、我が宿敵にして世界の破壊者、ジャバウォックを倒すために」と、武士に告げる。

アリスはアザゼルに施設から抜け出すベストポイントを聞き、実験体の少年たちを連れて脱走を試みる。だが、その教えられた場所にはキースたちがいた。「どうして自由にしてくれないの!?　私は私でいたい」と泣きながら訴えるアリスだったが…!?

神の腕を持つ少年・高槻涼。謎の転校生・新宮隼人が、涼たちに突然襲いかかった。奇妙な腕の正体、そして彼が口にした「ARMS」とは…！？

カツミの奪還とアリスの破壊を目指して、エグリゴリの本拠地・カリヨンタワーに侵入した涼たち。涼と隼人は、まずはボビーという敵を倒す。だがそのボビーはアームズの実験体、しかも子供だったため涼は自責の念にかられてしまう。

エグリゴリのサイボーグ実験計画最終バージョンである、ネクストのヒューイを倒した涼たちは、いよいよカリヨンタワーの心臓部へと向かう。そこでティリングハースト博士は、ドクター・デューイ・グラハムを撃ち、それによって、カリヨンタワーの自壊機構が動き始めた。

エグリゴリの本拠地・カリヨンタワーに侵入し、キース・ブラックとアリスの待つ地下中枢部へ向かう涼、隼人、恵たち。キース・シルバーを敗ったのも束の間、今度はキース・バイオレットが現れた。彼女は自らのアームズ・三月兎（マーチ・ヘア）を使い、涼のコアを破壊しようとするが…!?

アリスと融合し、巨大化してニューヨークに出現したジャバウォック。破壊と憎悪の権化と化したジャバウォックが街を焼き尽くすなか、核ミサイルが暴走を始めた。その頃、もう一人の「人を愛するアリス＝白いアリス」は、武士の繭の中に進入する。

エグリゴリとの戦いを終えた涼たちは、アームズの力は失ったものの、ようやく平和な日常を取り戻していた。だがそれも束の間、今度はエグリゴリの残存勢力が新たな作戦「プログラム・バンダースナッチ」遂行のため、日本に集結していた。