『３×３ＥＹＥＳ<サザンアイズ>』高田裕三が描く、新世紀のボーイ・ミーツ・ガール。テロリスト“アンバック”によって国連から「巨大聖櫃（ヘヴィアーク）」二基が強奪された。「巨大聖櫃」に眠る「地球外機甲化ＡＩシュネルギア」を起動する適合者として選ばれた高校生の二ノ宮シロは、同じくシュネルギアを操る国連のパイロットの少女・ブランカと激突する―――。与えられた運命を壊すための二人の戦いの旅が、ここから始まった―――！

『３×３ＥＹＥＳ<サザンアイズ>』高田裕三が描く、新世紀のボーイ・ミーツ・ガール。国連からの刺客<小さき破壊者（タイニーデストロイヤー）>ブランカ・ルルーとその乗機・フォルテイスをなんとか退けたシロと無号。だがその戦いの末、ブランカと精神を共有したシロは、敗戦の罰を受けた彼女と共に心停止を起こしてしまう―――。絶体絶命の中、ブランカの姉・ブレイズが愛機と共に襲い来る―――!!

『３×３ＥＹＥＳ-サザンアイズ-』高田裕三が描く、新世紀のボーイ・ミーツ・ガール。シュネルギア・無号と共に住み慣れた地を離れ、外の世界での旅を始めた二ノ宮シロたちに、ブランカの姉・ブレイズ率いる部隊が再び迫る。一方、懲罰を受けたブランカは、アフリカに落ちた巨大聖櫃（ヘヴィ・アーク）“バルタザール”を囲う勢力との戦いに召集される―――。シロとブランカ、二人はそれぞれの危機に立ち向かう―――！

『３×３ＥＹＥＳ-サザンアイズ-』高田裕三が描く、新世紀のボーイ・ミーツ・ガール。シロと新世代国連、ブランカと“地球の支配者（グローブ・ルーラー）”それぞれの戦いに巻き込まれた二人は、共に絶体絶命の危機を迎えていた。感応力によってブランカの助けの声を聞いたシロは、無号との飛び級進化（スキップ・エボリューション）の協調（シュネルギア）を果たし???！？ブランカの危機に、覚醒したシロが駆けつける???！

『３×３ＥＹＥＳ-サザンアイズ-』高田裕三が描く、新世紀のボーイ・ミーツ・ガール。“地球の支配者（グローブ・ルーラー）”に精神を剥奪されたシロとブランカは、アフリカ勢“バルタザール”の飛行要塞「ジョカ・ラ・マレンゴ」の中に閉じ込められていた。絶対絶命の危機を脱する手助けとなったのは、まさかのあの男との再会で―――！？そしてシロとブランカは、真に出逢いの時を迎える―――！

『３×３ＥＹＥＳ-サザンアイズ-』高田裕三が描く、新世紀のボーイ・ミーツ・ガール。身を潜めていた三島重工で、“地球の支配者（グローブ・ルーラー）”の強襲を受けたシロとブランカ。ドラブ・グリードのシュネルギアの能力「空間干渉」によって、絶体絶命の危機を迎える。シロを救いたいブランカは、愛機フォルテイスの力を解放し―――！？激闘の後、シロは無号に心の内を明かされる―――！

『３×３ＥＹＥＳ-サザンアイズ-』高田裕三が描く、新世紀のボーイ・ミーツ・ガール。“地球の支配者（グローブ・ルーラー）”の飛行要塞の襲撃を受けた七番アークと軽ラボのメンバーを救出するため、シロとブランカは決戦の地へと急ぐ。そんな中、黒岩ミワコ国連大使は、隠されていた五番アークの起動を実行し―――！？ドラブの魔の手が、２ND世代の子供たちに迫る―――！

『３×３ＥＹＥＳ-サザンアイズ-』高田裕三が描く、新世紀のボーイ・ミーツ・ガール。“地球の支配者（グローブ・ルーラー）”の襲撃を退けたシロたちは、最終目的地である月へと向かうのに必要な装備を手に入れるため、巨大遺物（ヘヴィレリック）『メルキオール』へと舵を取る。ただ『メルキオール』へと狙いを定めていたのは彼らだけではなく———！？各勢力は、新たな戦いの地へ集結する———！！