中等部主催の新年会に招かれた蜜柑と蛍。棗や流架も女装して一緒に参加！ 隙をみて、単身中等部地下に潜入した棗を待っていたものは…!? 一方、棗を案じて追いかける蜜柑たちに、危険能力系のアリスが結集した学園の闇が迫る!! そして、今明かされる日向兄妹の秘密とは!?

中等部地下に巣食う学園の闇！ はぐれた棗を探すうち、蜜柑と蛍は棗が学園に来た経緯と、その妹・葵が行方不明であることを流架から聞かされる。怒りを爆発させ、ペルソナから棗を助けようと駆け出した蜜柑たち。その蜜柑たちの前に立ちふさがったのは…!? 必見、花園会編完結!!

中等部での事件も無事解決し、蜜柑が学園に来てから半年が過ぎた。波瀾(!?)のバレンタインデーも終わり、初等部の卒業式にB組みんなでの演奏を贈ることを企画した蜜柑。しかしあまりのヘタさに、スミレたちと対立してしまう。すっかりバラバラになってしまったB組は…!?

卒業式での演奏会も大成功をおさめ、無事6年生に進級した蜜柑たち。新学期になり、生徒会は生徒を取り締まる「風紀隊」を設立。学園全体に不穏な空気が漂う。そんな中、B組に転入生・小泉月がやってきた！ 病弱だという月は何かを企んでいる!? やがて始まる体育祭の行方は…!?

アリス学園は春の体育祭の真っ最中!! 障害物競走では流架が蜜柑の前で念願の一位を獲得、借り物競争では棗が全校生徒の前で蜜柑に告白!? そんな中、応援合戦の空中パフォーマンスで蜜柑が空中から落下してしまう!! 救護室に運ばれた蜜柑の前に、ペルソナが現れて…!?

体育祭で無意識に第2のアリスを使い、月（ルナ）の企みを阻止した蜜柑。クラスメートの誤解も解け、いつもの学園生活に。けれど何故か棗は孤立していて…。そんな中、ひょんなことから皆の中身と体が入れ替わってしまい!?

体育祭で第2のアリス「盗み」のアリスが発現した蜜柑。体育祭も無事終了し、いつもの学園生活に戻った蜜柑たちに翼が行方不明になったという報せが届く！一方、「盗み」のアリス欲しさに蜜柑を狙う初等部校長。蜜柑の身を案じた鳴海は、蜜柑に「一緒に外の世界に逃げよう」と告げるが!?

初等部校長に「盗み」のアリスを狙われた蜜柑。逃げ込んだ高等部で、高等部校長から衝撃の真実を明かされる！ さらに真実を知るため、学園の過去へタイムトリップすることに。そこで蜜柑達が見たものとは…!?

学園の過去を知るため、タイムトリップ中の蜜柑達。母・柚香、父・泉水、幼い頃の鳴海先生…それぞれの想いが交錯する過去には、蜜柑と棗を結ぶある絆が!? そんな中、蜜柑達は時空間で意外な人物に再会!?

過去にタイムトリップ中の蜜柑達！ 互いの気持ちが近づいていった母・柚香と父・泉水はついに…。そんな中、蜜柑は時空を超え、過去のアリス学園に降り立ってしまう。突然の事故に大きく荒れ始めた時空の波。さらに、学園の謎、柚香と初等部校長の因縁が今、明かされる!!