警視庁公安部に所属する公安捜査官の一狼（いちろう）は、上司の命令で、政治家相手に男娼まがいのことを行っているヤクザ・獅郎（しろう）に接近し内偵と監視をすることに。ところが、ひょんなことから、獅郎が先輩捜査官の弟であることが発覚。謎の失踪を遂げた先輩を探したいとずっと思っていた一狼は、ひそかに獅郎と手を組み、二人で先輩の事件の謎を追う決意をする。上司の目を欺くため、「恋人」のフリをしつつーー。

莉音（りおん）が残したノートに記した数字の謎を解いた一狼（いちろう）と獅郎（しろう）。2人は温泉デートを装い、事件の手掛かりとなる人物に会いに行く。しかし、事件の真相へと進む2人に刺客の影が…

莉音の事件を追って真相へと徐々に近づく一狼（いちろう）と獅郎（しろう）。一狼は事件を追っているうちに20年前に起こった爆破事件と莉音の事件が関係し、その裏に上司の田口の存在があったことを知る。田口への疑心暗鬼がつのる一狼。そして田口に命令されて訪れた部屋では意外な人物が待っていた。一方、風邪をひいて体調を崩していた獅郎は、雨が降りしきる中、敵に誘拐され激しい拷問を受けていた――。

20年前に起こったビル爆破事件の背景にジョーカーが絡んでいることを知った一狼（いちろう）と獅郎（しろう）は、証言を得るため事件の実行犯である4人の人物に接触しようとする。しかし、ジョーカーの魔の手は4人へと伸び、証拠を消し去ろうとしていた――。

一狼（いちろう）と獅郎（しろう）が20年前に起こったビル爆破事件の真相を追っていることが大須（おおす）総理に知られてしまった。大須総理は、息子の匡（まさし）が関与した事件の真相を知られまいと獅郎を呼び出す。一方、ビル爆破事件の黒幕ジョーカーことロン・アテロフは、一狼の大事な人物への凶行をにおわせ、一狼と獅郎を分断する。四面楚歌の中、さらなる危機が一狼と獅郎を襲うのだが――。

莉音（りおん）のもとに駆けつけた一狼（いちろう）と獅郎（しろう）は、ロンの右腕であるニナを追いつめる。さらに獅郎は峰上組にいる裏切り者と対峙し敵の情報を得ようとする。反撃の狼煙を上げる一狼と獅郎は一気に事件の真相を暴こうと攻勢を強める。しかし事件の黒幕であるロンは2人を消すため、ある人物に接触する。いつの間にか逃げ道を塞がれ危機に直面する一狼と獅郎。その時、２人に意外な協力者がーー。

公安捜査官の一狼（いちろう）とヤクザの獅郎（しろう）は、議員の東高茂（あずまたかしげ）の協力を得て、大須匡（おおすまさし）と東幸子（あずまゆきこ）が監禁されている、志尾組初代組長・山田が所有する館へ潜入。20年前に起こったビル爆破事件の真相が明らかになる中、一狼と獅郎は死を覚悟して山田と対峙する――。

一狼（いちろう）と獅郎（しろう）は20年前に起こったビル爆破事件の証言を得るため、当事者である東幸子（あずまゆきこ）と大須匡（おおすまさし）が監禁されている山田（やまだ）の別荘へ救出へ向かう。山田の策略によって一狼・獅郎らは危機的な状況に陥るが、田口（たぐち）警視監が助けに来たことにより戦いは総力戦の様相を見せる。田口が山田の注意をひきつけ、一狼と獅郎は幸子と匡を助け出そうとするが、そこには最悪の敵が立ちはだかった――。今まで以上に固い絆で結ばれた一狼と獅郎の命がけの戦いが始まる――！

ロンとの戦いがいよいよ決着！　20年前のビル爆破事件の真相を追う一狼（いちろう）と獅郎（しろう）はすべての黒幕であるロン・アテロフと対峙――。一狼は20年間追い続けた事件の真実に辿り着けるのか!?そして、一狼と獅郎のバディは新たな展開へ…！

「緑の種」とは何か――一連の事件の中心にある「緑の種」の正体を探るべく、一狼と獅郎は正体を隠し真藤化学社長に接触する。社長と親交を深め情報を引き出そうとする獅郎だったが、黒幕が社長だということに疑問を感じ始める。そして情報を収集する一狼と獅郎に不穏な2人組が迫る――。