謎の生物・地冥界（ディスアス）の侵攻によって危機に瀕していた人類は、不思議な魔法の力を得た魔法少女達の活躍によって救われた…。そして３年後、それぞれの生活に戻った彼女達に、その日常を切り裂く新たな事件が勃発!!　人類の救世主となり“伝説の五人（マジカル・ファイブ）”と呼ばれた魔法少女の一人、大鳥居（おおとりい）あすかは運命に翻弄されながらも懸命に現在（いま）を生きようとしていた…。

拉致された希美を救出すべく、あすかとくるみは敵のアジトへの潜入作戦を開始する。だがそこには料理人、番人と名乗る魔術を操る双子の傭兵コンビが待ち受けており、更には非合法な手段で生まれた魔法少女・アビゲイルまでもが二人に襲いかかるッ!!　そしてその頃、飯塚率いる魔法戦に特化した特殊部隊『Ｍ班』も現場へと急行していた。壮絶な魔法戦の火蓋が切って落とされる――!!

アビゲイルを後一歩の所まで追い詰めた『Ｍ班』とあすかだったが、黒幕と思われる新たな魔法少女の出現により取り逃がしてしまう。幼い頃の夢と現実の間で揺れるあすかだったが、ついに『Ｍ班』への入隊を決意!!　一方、“伝説の五人（マジカル・ファイブ）”のメンバーであるミアとタマラも、それぞれの任務の為日本へ上陸。謎の魔法少女が率いる組織『バベル旅団』、各地に散らばる“伝説の五人”が日本を舞台に動き出す――ッ!!

校外学習で沖縄へとやって来たあすか達。その一方で、飯塚ら『Ｍ班』や、ミア、タマラ達が異世界貿易会議の警備の為、那覇駐屯地を訪れていた。しかし、そのタイミングを狙って、魔法少女となったちさとを引き連れ、ギースが攻撃を仕掛ける!!　あすか、くるみ、ミア、タマラ達“伝説の五人（マジカル・ファイブ）”が、今再び力を合わせ、バベル旅団との戦闘に臨むが――!?　番外編「軍隊ご飯を食べよう」も収録した、激闘の第４巻！

激しさを極める“伝説の五人（マジカル・ファイブ）”と“バベル旅団”との戦い――。市街戦を繰り広げるミア、偽装シェルター前で敵を食い止めるタマラや『Ｍ班』らの尽力もむなしく、ついに防衛ラインを突破されてしまう。そして、ギース、ちさとと、あすか、くるみの４名が対峙し、直接対決へ突入――!!　この強敵を前に、タイムリミットまでタビラ将軍を守り抜く事ができるのか――!?　世界の運命を左右する攻防戦を描く怒涛の第５巻！

沖縄での激闘はついに終焉を迎え、非合法の魔法少女であるちさとは捕虜となる。しかしその一方で、タビラ将軍が持って来た魔法少女用の新装備は敵の手に渡ってしまった…。ウクライナ東部の紛争から、不穏な動きを察知した飯塚らは、そこに介入する非正規戦を決断。あすか達『Ｍ班』は次なる任務としてウクライナへ向かう事になったが、そこにもロシア軍と秘密裏に接触していたバベル旅団の影が――。番外編「秘密基地のひみつ！」も収録した、新章突入の第６巻！

ウクライナでの不正規戦へ臨むあすか、くるみ。だが、先に現地に入ったミアの前にタマラとペイペイが現れ、有無を言わさずミアに襲い掛かる！　かつて共に世界を平和へと導いた仲間であるはずの二人に一体何が!?　一方、モスクワで情報収集をする公安の牧野は、新たな手がかりを得る。バベル旅団の真の目的とは――??　番外編「バレンタイン 魔法チョコレート作戦」も収録した、規格外のパワーがぶつかる第７巻！

あすか、くるみ対タマラ、ペイペイの戦いは激しさを増し、くるみが重傷を負ってしまう…。その間、公安の牧野から連絡を受けた三浦理事官の指示により、ちさとがマフィアのアジトへ潜入、人質救出作戦を決行する。一方、バベル旅団の幹部・ブランカと対峙するミアは、魔力をはじく特殊装甲の前に苦戦を強いられていた…。だがその時、ついにズメイが復活してしまい――!?　“伝説の五人（マジカル・ファイブ）”の眼前で、最凶の魔法生物兵器・ズメイの咆哮が轟く第８巻！

海外での不正規戦を終え、日本での平穏な学生生活を過ごしていたあすかとくるみ。そんなある日、飯塚から突如連絡が入った。ウクライナで敵となって現れたタマラの真相を探ると、彼女はロシア軍参謀本部から、“ある方法”によって命令を強要されていると言う。公安の牧野達の助力もあり、マフィアと軍の繋がりをつかんだ飯塚達は、ロシアンマフィア『狼男（オボロートニ）』へナーズィニーを潜入させ、それを足掛かりにタマラを救出しようとするが…!?　警察庁でのちさとの活躍を描く特別編「Black Belt」も収録した、緊張感高まる第９巻！

ロシアンマフィア『狼男（オボロートニ）』へ潜入したナーズィニーだったが、スパイ容疑をかけられ拷問されてしまう。そこで公安の戸田とちさとは、ナーズィニー救出、タマラ奪還の為アジトへの突入に踏み切る。しかし死体を操るヴァルヴァラ、肉弾戦を得意とするナツァグドルジ、二人の魔術傭兵に行く手を阻まれてしまう。その間『姉妹の絆（シィストラ・スヤズヴェエット）』によるタマラ洗脳作業は着々と進んでしまい――!?　一方、バベル旅団は次なる計画へと静かに動き出していた……。一度は悪に染まった拳が、再び光り輝く第10巻！