殺意を感染させる謎の菌糸の呪いにかかってしまった螢多朗を助ける為、かつて男性が女性の首を切り裂く事件が多発していた場所を調べる夜宵たち。そこには裏切りの悲劇で死んだ男の怨嗟の念が満ちていて…。さらに、残された心霊スポットの攻略前に立ち寄った安倍晴明を祀った神社では、思わぬ出来事が…!?

螢多朗に憑いた式神の後鬼によって、F公園の老婆の霊との戦いに決着がつく。しかし、呪いは残ったまま人形に捕らわれた螢多朗と詠子の魂は元には戻らず、救出する方法を探す夜宵。そこに『呪物屋』の霊群と名乗る男が現れる。魂を取り出す方法に加え、式神や夜宵の持つ『占事略決』の事を知る男の目的とは…!?

国道一号線の地に古くから封印されてきたシシムラ様と呼ばれる存在。意図せずその封印を解いてしまった夜宵たちは増殖する四つ足の化け物に襲われる。戦いの中、聞いてはいけない呪いの言葉を聞いてしまった夜宵が倒れ、追い詰められた詠子は夜宵から託されていた旧I水門の霊『月蝕尽絶黒阿修羅』を呼び出す！

『国道一号線』の攻略を以て、ついに愛依に憑いた神様との決戦準備を完了させた夜宵たち。京都の街を覆う『弑逆桔梗』作戦の極大な呪いを実行するべく、愛依の入院する病院に赴く夜宵、螢多朗、詠子の三人。久しぶりに再会し喜ぶ一方で、「生きたい」と涙する愛依を救うため、かつてない決戦の火蓋が切られる！

『弑逆桔梗』作戦を実行し、愛依に取り憑く太歳星君との死闘が始まった。京都御所にて祈りを刃に換えた鬼軍曹を以て太歳星君に挑む夜宵。一方、卒業生の回収に動く螢多朗と詠子は首塚大明神の地で封印から解放された酒呑童子との戦いに。『龍神の子』とも言われる存在に対し、螢多朗に憑く神主が天照と月読で対抗するが…!?

全ての卒業生が解放され、太歳星君を討つ為の総力戦が始まる！　まず酒呑童子の一部を身に着け強化された『斎弄晒レ頭』が凶悪な呪いで先陣を切る。しかし、回復手段を絶たれた事で本気になった太歳星君は圧倒的な神の力を見せつける。怨霊たちが一人ずつ倒される中、夜宵は神攻略の為の最後の一手を打つ――!!

『占事略決・外典』の循環術『生旺死衰』により太歳星君から奪った力を以て『過渡期の御霊』は真の姿を解放。『新皇』として現世に顕現し、全てを超越した一振りは太歳星君の分霊を両断する。残るは太歳星君の本体、そして千年にも及ぶ神と神代家が結んだ契約の秘密が明かされる。京都・弑逆桔梗編、その結末は――!?

太歳星君の分霊を倒し、永く続いた神代家の呪縛から愛依を解放した夜宵。東京へと戻った一行は空亡と裏で糸を引くなり代わりたちを追う為、未回収の卒業生を集めて、東京の心霊スポットの完全制圧に動き出す。その前に夜宵はかつて入院中に卒業生のプロトタイプ『0期生』が誕生した経緯を螢多朗たちに語り始める…。

太歳星君が陥落した事による周囲の怨霊・神霊たちの活発化や、なり代わり集団なる新勢力の登場を危惧し、全国の最強霊能者が集結。事の一因である夜宵が危険人物か見定める為に、霊能者の一人・戍法師が動く。一方、愛依の祖父の葬儀に付き添い京都を訪れていた夜宵は東京へ帰る新幹線内で謎の霊現象に巻き込まれ…。