【デジタル着色によるフルカラー版！】薫達から話を聞き、剣心が真の理を会得したと判断した比古清十郎は、時代の苦難から人々を守る飛天御剣流の剣客として奥義伝受を決断する。一方、志々雄一派に身を寄せた蒼紫に翁は闘いを挑む！

【デジタル着色によるフルカラー版！】京都大火のため、志々雄のアジトに十本刀が集結した。生と死の間の修行で、奥義「天翔龍閃」を会得した剣心は、左之助、斎藤と合流。京都大火の裏に隠された志々雄のもう一つの狙いに気づく！

【デジタル着色によるフルカラー版！】アジトにいる蒼紫を必ず連れて帰ることを操に約束し、剣心、左之助、斎藤は決戦の場へと向かった！決戦の一番手・左之助に対し、十本刀は救世を求める“明王”の安慈…因縁の対決が始まった!!

【デジタル着色によるフルカラー版！】葵屋に十本刀が向かったことを知った剣心は、“盲剣”の宇水の相手を斎藤に任せ、次の相手、“天剣”の宗次郎の元へと急ぐ。しかし、その剣心を再戦の約束を果たすため、蒼紫が待ち受けていた！

【デジタル着色によるフルカラー版！】“飛翔”の蝙也を弥彦、“大鎌”の鎌足を薫、操の奮戦で倒す。しかし、“破軍”の不二の人間離れした力に葵屋は破壊され、窮地に陥る。皆があきらめかけた時、比古清十郎が助っ人に現れた…!!

【デジタル着色によるフルカラー版！】十本刀最強の宗次郎を破った剣心！最後まで不殺を貫いた剣心に、宗次郎は何が正しいのか見極めるため、志々雄の元から離れることに…。そして、剣心は志々雄のいる「大灼熱の間」にたどり着く！

【デジタル着色によるフルカラー版！】意識を取り戻した剣心と肉体に時間制限のある志々雄の、限界を越えた闘いは熾烈を極めた。天翔龍閃対終の秘剣・火産霊神、互いの最強の技がぶつかりあい…時代が選びし勝者は剣心か志々雄か!?

【デジタル着色によるフルカラー版！】志々雄一派の野望を死闘のすえ打ち砕き、帰京した剣心達。闘いのない平和な日常も束の間、抜刀斎に恨みを持つ六人の男達が集結。天が裁かぬ罪を己の手で裁く――人誅のため、復讐を開始した!!

【デジタル着色によるフルカラー版！】雪代縁が十日後、神谷道場を総攻撃すると宣戦布告してきた。首謀者が、かつてその手で斬殺した妻・巴の弟・縁と知り、苦悩する剣心。しかし、薫達のいる今を守るため、闘うことを決意する…。

【デジタル着色によるフルカラー版！】時は幕末、剣心は「新時代」のため、人斬りとして剣を振るっていた。その剣心に許嫁を殺され、剣心の命を狙う「闇乃武」の手の者となった巴。が、いつしか二人は互いにひかれあうようになり…。