20歳になった“双星の陰陽師”ろくろと紅緒は、ケガレ祓いに励みながらも新婚生活満喫中。だが、二人は未だ正式な夫婦ではなかった。決意を固めたろくろは、紅緒にプロポーズすべく、指輪を用意するが、任務中の禍野でまさかの紛失！　波乱の船出へ…。新章開幕!!

大きな戦いを終え、晴れて結婚式の準備に入ったろくろと紅緒。幸せいっぱいの二人に新たな任務への召集がかかる。禍野で発見された正体不明の巨大建造物“天御柱塔”。中に潜伏するのは上位婆娑羅か!?　双星に天馬と士門も加えた陰陽連最強小隊で、いざ禍野へ！

“太陽”として完全覚醒寸前に倒れ、未だ意識不明のろくろ。紅緒との結婚式の日が迫る…。一方、緊急召集された新十二天将・十二家当主へ、紅緒は婆娑羅と接触した過去を告白、騒然とする面々は双星排除へ傾き始める。その頃、ろくろの意識下に驚くべき人物が…!?

禍野での任務から奇跡的に生還した隅田小隊4人の処遇を巡り、陰陽頭・有主は、彼らの人命と土御門島の安全の狭間で苦悩する。有主は、ろくろ達の協力を得るが、そんな矢先、隔離観察中の4人が脱走…！　島には4年前の惨劇を想起する緊急事態警報が鳴り響く!!

土御門島を蹂躙するケガレの襲撃。そして紅緒を迎えに来た謎の婆娑羅…。憲剛と勘久郎も戦いに飲み込まれる中、天元空我を操る十二天将・勝神コーデリアが小隊を引き連れ参戦！　その希有な成り立ちが明かされる!!　陰陽師VSケガレ、全面対決へ…!!

島全土を恐怖と戦慄に陥れるケガレの襲来。仇敵・加布羅に対抗する五百蔵志鶴、蹉ダ桜、膳所雲雀の三人にも、まさかの事態が…。混乱の中、不穏な動きを見せる婆娑羅、その正体と恐るべき目的が明かされる…。一方、ろくろは修多羅と対峙、紅緒を守ろうと奮闘するが!?

二度と人間の姿に戻れないと知りながら、島民を守るため、太陰として完全解呪した紅緒。ろくろも太陽の姿になり、二人は壮大な力を発揮、ケガレを一掃する。だが、甚大な被害を防げなかった双星に島民の怒りが爆発。紅緒は引き留めるろくろに別れを告げ、禍野へ…!!

禍野での活動限界が迫る中、夙谷に辿り着いたろくろは、案内役のケガレ・足羽から衝撃の事実を告げられる。かつて、この地で育てられたろくろの過去とは!?　そして迫り来る《追儺（鬼やらい）》の脅威…!!　同じ頃、紅緒もまた無悪が目論む新たな世界創世の計画を知る…!!

紅緒を奪還しようと、無悪の元（アジト）へ辿り着いたろくろ。だが、既に無悪の術式は完了、紅緒はろくろの目前で変貌を遂げる。更にろくろも無悪により行動不能状態に…。目指すは本土、無悪が計画する外道・泰山府君創造を阻止すべく、神威たちケガレは想定外の動きへ…!?

紅緒を得て“穢れの王復活”へ突き進む無悪は、巨大戦艦で現へ通じる禍野の海へ到達！　対する繭良たち精鋭陰陽師は神威等と共同戦線を張り進軍。一方、ケガレと化した紅緒を祓う運命の御幣島すばるは、愛する婆娑羅・臥蛇の目前で、命を懸けた最後の術式へ…!!