ついに「魔法世界」にたどり着いたネギたち。しかしそこに、強敵・フェイトが現れる!!　致命傷を負ってしまう、ネギ。急いで木乃香（このか）のアーティファクトで治療しないと、ネギの命が危ないんだけど……なんと武器やパクティオーカードが、すべて封印箱に入れられていて取り出せない！　治療NGという大ピンチのうえ、フェイトたちの容赦なき攻撃はつづいて……?

魔法世界でちりぢりになってしまったネギたち！　何人かとは合流できたものの、まだ会えない仲間を捜すため、年齢詐称薬を飲んで拳闘大会に出場し、お金を稼ぐという作戦をとる。さらにネギは、父である伝説の魔法使い「ナギ」の名前を名乗ったため、思いがけないことに巻き込まれてしまう!!

光の魔法と闇の魔法、どちらの修業をするか悩むネギに、ある巻物が渡された！　昔、エヴァンジェリンが記した「闇の魔法」の巻物で、闇を選ぶなら開けろとラカンから伝えられる。悩んだ末、闇を選んだネギ！　巻物を開けた瞬間、エヴァが出てきてネギに襲いかかる……!!

魔法世界・オスティア終戦記念祭で開かれる拳闘大会！　そこでバラバラになってしまった仲間達との再会を計画したネギは、早速、アスナと再会!!　ネギの父であるナギの仲間だったラカンや、アスナとすでに合流していた木乃香（コノカ）たちも集まり、これで一安心！のはずが、白髪の少年・フェイトが裏で動きだし、ネギ達は巻き込まれることに……!?

魔法世界で、ついに出会った宿敵・フェイトに対する怒りをあらわにするネギ！ だが冷静なフェイトは、なんとネギ達が無事、日本に帰れる条件を出してくる。その条件にネギは悩むが、実はその間にも、ネギの仲間たちに対し、フェイトは刺客を放っていて……!!

「紅き翼」メンバーのラカンから、ネギ達は、ネギの父親・ナギについてや、世界を守るために、宿敵・フェイト達と繰り広げた戦いを教えられる。当時から最強だったフェイトを打ち負かし、元の世界へ戻る決意をますます固めるネギ。だが、その時、ラカンが予想外な行動を起こし……!!

ついに始まった拳闘大会決勝！　奴隷になった亜子（あこ）たちを救うため、そして母のことを教えてもらうため、負けられないネギは、圧倒的な強さを誇るラカンと拳と拳の勝負を繰り広げる。切り札を次々使うネギに、勝算はあるのか!?　そして、ナギの姿で戦うネギを見つめる亜子。彼に恋している彼女、その心境はいかに!?

武道大会でラカンと引き分けたものの、無事、亜子（あこ）たちを奴隷（どれい）身分から解放したネギ！　ゲートを探索していたチームも合流し、「現実世界帰還作戦」がふたたび始動する――。そして、消息がわからなかった夕映（ゆえ）と偶然再会するのだが……。なんと夕映は記憶喪失。ネギたちのことがわからなくなっていた……!!

クルト・ゲーデル総督から、舞踏会に招待されたネギ達。だが、会場へ向かう途中に抜けたラカンは、宿敵・フェイトとの闘いを繰り広げることに!　一方、ネギとコタローは「今のうちに、未契約の子とパクティオーするように!」とパルに言われ、女の子達と大騒ぎになってしまう!!

MM総督・クルトから、両親の過去を教えてもらったネギ。母であるアリカが罠にかけられたことを知ったネギに、クルトは共に闘おうと迫る!　そして、ネギが出した答えは!?　一方、フェイトと闘うラカンは、ある事実を突きつけられ、大ピンチに陥る!!