無事に現実世界に戻るため、バラバラで第二合流地点へ向かうネギ達!　だが、ネギ達を助けてくれる魔法世界の人々が「完全なる世界」の魔法使いに、次々と消されてしまう!!　その時、のどかが自身のアーティファクトを駆使して、反撃を開始!!　消えてしまった人々を、取り戻す方法はあるのか!?　そして、フェイトと戦うラカンの運命は!?

闇の魔法（マギア・エレベア）の侵食と闘うネギを支えるのは、彼の仲間たち！ それに応えるべく、ネギは修業に精を出す。そして、亜子（あこ）たち運動部4人組も決戦の日に備えて、次々と仮契約（パクティオー）――!!　心強い味方と共に、世界の危機を救うため、白き翼（アラアルバ）は立ち上がる!!

魔法世界から現実世界へ戻ろうとするネギ達の前に、クラスメイトであるザジらしき人物が現れる!!　敵か味方かわからないまま、彼女のアーティファクト“幻灯のサーカス”をくらったネギ達!!　次の瞬間、麻帆良（まほら）学園にいることに気づき、愕然とする。そこは、フェイト一味が、魔法世界の人達を送り込んでいる「完全なる世界」なのだが、ネギは脱出することができるのか!?

ネギは、アスナ奪還と最後の鍵（グレートグランドマスターキー）を求め、デュナミスのもとから脱出を試みる！　だが、デュナミスの急撃を受け、瀕死のダメージを負ってしまう。その攻撃がきっかけとなり、ネギへの闇の侵食が急増!!　禍々しい姿になったネギは、我を忘れてデュナミスに襲いかかる!!　世界を救うはずが、ピンチに追い込まれた白き翼（アラアルバ）メンバー！ この危機を、どう乗り越えるのか!?

火、風、水のアーウェルンクスの猛攻、デュナミスの復活により、白き翼（アラアルバ）は全滅の危機に陥る。さらに、魔法世界も崩壊の兆しを見せ、世界を巻き込んだ大ピンチに!!　だが、儀式を進めようとするフェイトの元に、復活したネギが現れる。魔法世界、現実世界の平和を守るため、ネギは全てを懸け、フェイトとの戦いに挑む!!

魔法世界の存続を懸けた、ネギとフェイトの闘いも最終局面へ！　激しい戦闘のさなか、フェイトは自分が誕生したときのこと、そこで出会った人々のこと、そして自分が下した決断を思い出す。創造主への忠誠心を設定されず、思うがまま動けと言われてきたフェイト。彼が、最後に出した答えとは!? そして、ネギと3-Aのクラスメイトたちは、無事に明日菜を取り戻すことができるのか!?

魔法世界を救い、再び麻帆良（まほら）での平和な日常を取り戻したネギ達！　だが、現実世界、魔法世界、両方の共存のため働くネギは、忙しい日々を送る。そんなネギの代わりに、3-A担任として現れたのは、なんとあの、フェイト!!　戦々恐々とするクラスメイトを尻目に、フェイトはマイペースで麻帆良の生活を送り、振り回される生徒が続出することに!?

麻帆良（まほら）学園体育祭のどさくさに紛れ、ネギに告白する女子が続出！　そんな中、何と、ネギに想い人がいることが発覚!?　それが誰かを知るために、3-A強豪軍が、ネギに襲いかかる!!　大ピンチのネギを、数少ない味方のアスナは守りきれるのか!?　そして、世界の平和を守るため、アスナが100年の眠りにつく日が刻々と迫る。今までの楽しい日々に別れを告げ、迎えた未来とは!?