地球――、ずっと続く、たった一つの大切なもの。主人公・綾辻塞はそう思っていた、次元跳躍してきた機体・アナイアレイターと出会うまでは。人類抹殺を誓約とし、次元跳躍を続けるアナイアレイターは、塞が住まうアース8731に出現。塞を殺そうとするが、自機の行動に命令を下せるコマンドユニットを塞に掌握されてしまう。地球の存亡をかけ、決して交わらぬタッグが人類抹殺を誓う後続機達とのフロントラインに立つ。

人類滅亡の誓約を掲げる別次元ゼロアースより襲来した機体・アナイアレイターは、機体の核となる制御装置を心優しき主人公・サイに掌握されてしまう。アナイアレイターの力を用い、ゼロアースより送り込まれる機体を圧倒的ピンチながらも奇襲を駆使し撃退する。サイとアナイアレイターの関係性が深まったかと思いきや、アナイアレイターはサイに告げる。サイを最優先抹殺対象として報告したことを――。

サイ抹殺のために送り込まれた強力なマローダー2機との戦いの代償は大きかった。半壊したアナイアレイター、致命傷を負い意識を失うサイ。その窮地を救ったのは、マローダーを駆りゼロアースに抗う者達。サイに対し様々な感情を向ける彼らは、サイの孤独と絶望を終わらせる光となるか――!?

304戦線にスカウトされた事に戸惑うサイ。だが、彼らに守られながら久々の平穏を噛みしめる。だがその頃、以前倒したハンツマンが機械にあるはずのない“憎しみ”を抱き始めていた。それを察知したゼロアースからの使者・ファタールは、データ採取のためハンツマンに力を与え、サイの住む天戸市で凄惨な実験を開始。膨大な犠牲を生みながら広がる戦火を前に、サイの決断は!?

暴走したハンツマンにより、天戸市の被害は甚大なものとなった…。塞はそれに責任を感じると同時に、１人で地球を守り抜く無謀さを痛感。落ち込む塞にアルバートが聞かせてくれたのは、自分達の次元の地球が滅びた時のこと、そしてそこで奮戦してくれた304戦線という希望の話だった――！！

自分の地球を離れ、３０４戦線本隊と合流した塞。そこで戦争を終わらせる方法を知り、アナイアレイターと共にゼロアースへ乗り込むことを決意する。だが３０４戦線本部に対し、ゼロアースの大部隊が猛攻撃を開始。絶望的な戦況の中、塞は最前線の向こう側へ飛ぶ！！