「死ぬときは、たとえどぶの中でも、前のめりになって死にたい。」――公式戦も終盤の巨人vs.阪神戦で、星飛雄馬（ほし・ひゅうま）は宿敵・花形満と対決した。花形は、決死の新打法で飛雄馬の魔球を外野スタンドに打ち込んだが、その直後グラウンド上に倒れてしまう……。あまりの激しい打法のため、全身傷だらけになっていたのだ。飛雄馬は、敗れながらも、深い感動の中で新たな闘志を燃やすのだった！

「おれは野球ロボットにすぎなかったのではないか！」――飛雄馬（ひゅうま）の胸によぎる暗い疑惑と清純な青春の慟哭（どうこく）！　日米親善試合でカージナルスの秘密兵器・オズマと対決した飛雄馬。血みどろの死闘の末、オズマの大リーグボール破りの秘策に打ち勝つことが出来た。だが、オズマは言い放つ。「……日米野球ノロボット同士ノ因縁ノ血闘（ケットウ）ガ、コレカラハジマル！」……やがて契約更改の季節。飛雄馬は、未更改のまま新年を迎えることとなった。第１部完結編!!

「死ぬよりつらい事情があろうとも、起て、戦え」――青春の慟哭（どうこく）の中から、マウンドに命をかける熾烈な闘魂を甦らせた不死鳥飛雄馬（ひゅうま）！　野球ひとすじに生きる巨人軍の星飛雄馬投手にも、甘い青春への夢が芽生えていた。そんなとき、宮崎のトレーニング・キャンプで美しい少女・美奈と知り合い、飛雄馬は初めて青春のよろこびを味わった。しかし、それもつかの間、美奈は病魔に倒れ、絶望の飛雄馬は練習にも力が入らず、ついに二軍落ちを宣告されてしまう……。

「とうちゃんは敵だ！」僚友・伴宙太（ばん・ちゅうた）と共に、新魔球完成に全生命を賭ける飛雄馬（ひゅうま）――！　父と子が、先輩と後輩の男と男が、血で血を洗うすさまじい闘い！　愛する美奈の死から大リーグボールを失い、二軍に転落した星飛雄馬に苦悩の日々が続いた。しかし、ライバルである花形、左門の友情のむちを受け、飛雄馬は不死鳥のごとく甦り、見事、一軍へのカムバックを果たすのであった――！

「果てしなき戦いあるのみ！　栄光のあとにも、敗北のあとにも！」――巨人軍の若きエース・星飛雄馬（ほし・ひゅうま）は、魔球“大リーグボール”で、各球団の打者を翻弄（ほんろう）していたが、父・一徹の大リーグボール攻略特訓を受けた怪物・オズマに痛打を浴び、敗れた。自信を失った飛雄馬は、二軍に落ち、失意の日々を送っていたが、不屈の投手魂で奇跡の消える新魔球“大リーグボール２号”を完成させ、カムバックを果たした！　そして雪辱の決意に燃え、再び因縁の宿敵・オズマとの対決のマウンドに立つのだった……。

「星よ、おれは刺客としてこの手をぬらす、おまえの血で……」――伴（ばん）の苦悩と号泣をよそに、着々と進む、消える魔球打倒作戦！　中日の怪物・オズマに大リーグボールを痛打され、二軍落ちするも、新たに“消える魔球”をあみ出してカムバックを果たし、巨人軍５連覇の立て役者となった飛雄馬（ひゅうま）。飛雄馬のライバル、阪神の花形、大洋の左門は打倒飛雄馬の執念に燃え、消える魔球のひみつ解明に必死となっていた。一方、中日もオズマの帰国で戦力が低下し、星一徹コーチの進言で飛雄馬の全てを知る伴捕手の獲得に乗り出したのだった……！

「寸足らずの非力なチビが、スパルタおやじに叩かれ無理してきたが、もう限界が……きた！」――阪神の花形、大洋の左門は、飛雄馬（ひゅうま）の新たな“消える魔球”の秘密解明に執念を燃やし、必死の特訓を続けていた。一方、中日の星一徹コーチは、飛雄馬の親友である伴捕手の打力に目をつけ、巨人軍に再度トレードを申し入れ、ついに獲得に成功した。やがて迎えたシーズン開幕の巨人中日の第１戦。伴は親友・飛雄馬の敵として対決することになった……！

「疲れた！　身も心も……。全生命を懸けたこの青春球場が、今は、おれの墓場だ！」――飛雄馬（ひゅうま）の消える魔球は、各球団の打者を翻弄（ほんろう）していたが、対阪神戦で、打倒・飛雄馬を目指すライバル・花形の打棒についに敗れ去った！　飛雄馬は傷心を抱いてひとり東京に帰り、夜の新宿をあてもなく彷徨（さまよ）ううち、不良少女の“竜巻お京”たちにけんかを売られている大洋の左門に出会う。飛雄馬の仲裁で丸くおさまったが、意外にもお京は飛雄馬を好きになり、左門はそのお京にはげしい恋をしてしまったのだった……。

父と子の闘いは終わった！　だが、栄光の“巨人の星”飛雄馬（ひゅうま）の勇姿はもうない……。まもなく始まったオールスター戦、プロ３年目にしてファン投票で出場選手に選ばれた飛雄馬。魔球を失ったはずの飛雄馬だったが、突如、謎の下手（したて）投げでパ軍の三強打者を連続三振に打ち取った……！　漫画史上に未曾有の金字塔を樹立した伝説的名作、堂々完結!!