ジャングルにそびえ立つ謎の塔へとたどり着いたアキラたち。この世界にただ一本、突き刺さるように伸びる異様な人工物の姿にアキラたちは色めき立つ。しかし、この場所にいると思っていたエイケンたちがいない！　荷物だけがそのまま残され、だが、どこを探しても誰もいない……。一体何があったんだ!?

「人類最後の砦」となるはずだったベースは跡形もなく崩れ落ち、3種類の絶滅動物たちに包囲されたアキラたちは、絶体絶命の危機に陥っていた！　そんな時、本物のミイナが口にした、誰も知るはずのない絶滅動物たちの特徴と弱点。それは真実なのか、まったくのデタラメなのか……。生き残るため、一か八かの賭けに打って出る!!

海沿いを進んでいた矢頼（やらい）グループは、岸辺にたたずむ巨大な人工塔へと辿り着いていた。灯台のように見えるその塔は、一体誰が何の目的で建造したものなのか。島の謎へと近づくために、塔へと侵入するとそこには……!?　一方、アキラグループもまた、ジャングルにそびえる謎の塔の下で島の秘密を探っていた。そこへ眼光怪しく光る男2人組が現れ……！

謎の医者・錦織（にしきおり）が支配する“ピラミッド”へと辿り着いたアキラたち。そこで見たものは“ピラミッド”の地下へと続く不気味な入り口と、その中で見つかったという大きな牙と鱗を持つ謎の生物のミイラだった。さらなる調査のために、危険な地下空間へ行くよう錦織に命じられたアキラたちだが、そこに広がっていたのは……!?

孤島の地下深くに広がる空間には、地上と同じ植物が生い茂る森と大規模な自家発電所が存在した！　アキラたちは、さらに地下の深奥部へと繋がるダストシュートを発見。りおんが先陣を切って、たった一人で降下を始めるが……そこに待ち受けていたものとは!!?　ついに絶滅動物と、孤島の謎が明らかにされる!!

“ピラミッド”が絶滅動物の培養施設だったことをつき止め、アキラたちは無事、地上に生還。しかし、待ち受けていたのは錦織（にしきおり）による大森（おおもり）と九重（ここのえ）の死刑執行だった！ 冷酷無比な“独裁者”の暴走は止められるのか!?　孤島の秘密も続々明らかに!!?

“ピラミッド”が絶滅動物の培養施設であることを突き止めたアキラたち。さらに、この島が沖縄に近いことを知り、孤島脱出への期待は一気に高まる。一方、病魔に蝕まれた操栖（くるす）を手術する交換条件として、錦織（にしきおり）からアキラ殺害を依頼された矢頼（やらい）は、アキラと再会。回避不可能な2人の戦いがついに始まってしまう!!

病に冒された操栖（くるす）を救うため、命を懸けて戦うことになってしまった矢頼（やらい）とアキラ。その“決闘”の最中、突如として奇怪なキメラが現れ、ミイナを飲み込んでしまう！　矢頼の指揮の下、キメラに一斉攻撃を仕掛けるが、その時、アキラ達の前に二匹目の怪物が!!

病に冒された操栖（くるす）を救うため、極悪非道の医師・錦織（にしきおり）に全面戦争を仕掛けるアキラたち。一旦は錦織を捕らえることに成功したものの、マインドコントロールされた「奴隷」たちの手により脱走。アキラたちは綿密に作戦を練り直し、再度、ピラミッドへ向かうが、そこに待ち受けていたのは、用意周到な錦織の謀略だった……。

この島が沖縄の近くであると信じ、海へ漕ぎ出す計画を立てるアキラたち。操栖（くるす）の手術も無事終わり、ついに最後の塔「ビル」の探索が始まる！　島や絶滅動物、そして記憶喪失になっている本物のミイナの謎は解けるのか!?