友人達によって、学校の倉庫に閉じ込められてしまった高校生・天宮晴輝と、そこに居合わせた少女・磯波きらら。ただのいたずらのはずが……、なぜか開かない扉。二人は三日に及ぶ苦闘の末、どうにか倉庫を脱出した。ところが、外の世界は一変。人を襲う“保菌者”によって、町は埋め尽くされていた!!

ある日、突如として変貌し、人を襲いだした者達。“保菌者”と呼ばれる彼らに噛まれると、原因不明の何かに感染して死ぬ。友達に襲われ、愛する者が死んでいく……。高校生・天宮晴輝は、友人達と共に安全地帯・川内地区を目指す。しかし、その道のりは大量の“保菌者”によって埋め尽くされていた……!!

人を襲う“保菌者”へと変貌した人々……。彼らに噛まれると、何かに感染し、確実に死ぬ。安全地帯である川内地区へと辿りついた高校生・天宮晴輝。ただ護られているだけでは、愛する者を護れない。晴輝は消防隊に特別に加入し、“保菌者”制圧作戦に参加することに。ところが、作戦中に不測の事態が発生し、晴輝達は命懸けの緊急作戦に突入する!!

“保菌者”の出現により、未曾有の混乱に陥った仙台。“保菌者”は巨大で異様な姿へと変貌し、人間の力を遥かに超えた怪力で再び人々を襲い始めた。市民を救うため消防士となった晴輝は、事態収拾の鍵を握る半沢教授の救出作戦に参加する。だが、そこで出会ったのは半沢教授と、悪女・榎並だった!!

圧倒的な力を誇る新型“保菌者”の出現により崩壊した避難所。謎の遠吠えにより、動きを止めた新型“保菌者”だったが、それは次なる大禍への凶兆だった。感染し、死んだ者達の傍で膨張し、爆発した新型“保菌者”。次の瞬間、感染者達が蘇り、なんと人々を襲いだした!!　少しずつ逃げ場を失っていく市民達。ただ生きることが、今は一番難しい……。

大量の銃火器を持って現れた高木と合流し、崩壊した避難所を脱出した晴輝達。旅館に籠って銃の訓練を行っていたその最中、紗月から悲鳴の電話が──。綿密な作戦を立てて、別の避難所にいる紗月の救出に向かう一行。そこで出会った避難所の人々の言葉は、なぜか嘘で塗り固められていた。渦巻く思惑の闇に呑まれ、もはや紗月の生死さえ、不明。

紗月達の前に現れた“メット”。超人的な身体能力を持ち、知性を備え、銃を操る、謎の保菌者。その脅威から逃れ、紗月は三人の仲間と一人の赤ん坊と共にアパートに立てこもることに。共に危機を越え、「保菌者」達と戦うため結束を強める紗月達。しかし、油断は禁物。「人間」だからといって、信用できるとは限らないから──…。

進化を続ける驚異の保菌者“メット”から逃れ、赤ん坊を抱えながら麗、晴輝達との合流場所である廃校を目指す紗月。保菌者だらけの町で、明らかに足手まといの赤ん坊…。意を決した紗月は、晴輝に電話をかけ「これから一人でメットを倒しに行く」と告げる。たった一人の絶望的な戦いの行方は……。

進化する保菌者“メット”は液状化し、沈黙した。謎は残るが、ひとまず難を逃れた晴輝達は安全地帯であるホテルに辿りつく。豪華な宿泊施設に驚く一同。晴輝は束の間の休息を満喫しようとするも、きらら、紗月、らぎ姉の間で晴輝を巡る戦いが勃発！ 乙女達が晴輝との距離を縮めるためにあの手この手で襲い掛かる！？

地下研究所を訪れた晴輝。そこで目にしたのは自分の父、天宮教授のグループと、それを敵視するグループとの対立だった。対立グループから、いやがらせを受ける小鳥や子供達に安全地帯への避難を提案した晴輝だが、小鳥はそれを断り、ここに残るという。対立の圧力が高まる地下研究所に不穏な気配が立ち込める！