外交官の早とちりから始まった米国の日本への石油輸出禁止発言は新聞記事となり、世間に大きな衝撃を与えた。櫂が乗艦する「長門」内でも、海兵たちは打倒米国で一致団結し盛り上がる。この様子を見た櫂は、もはや自分一人の力では日米開戦を止めることができないと悟った。日本中が開戦一色に染まっていく第３１巻！！

真珠湾攻撃実行のため、航空母艦「赤城」に乗艦し、荒波の中ハワイへ向けて出発した櫂。「赤城」艦内は作戦成功に向けて大いに奮い立つ。一方、首相官邸では、アメリカからの最後通牒、通称「ハルノート」について、東條総理が最後の決断を下そうとしていた……。決定づけられた日米開戦！　陸・海のトップが大ゲンカ！？　そして櫂は一人の青年と出会う……。開戦前夜の３２巻。

日米開戦まであと一日となり１９４１年１２月６日。駐米日本大使館では、米国へ向けた宣戦布告文が作成されていた。そして１２月７日、ついにその日を迎える。万歳三唱ととともに、日本の戦闘機が空母から発進、ハワイ・真珠湾へ向けて飛び立った……。ついに始まる真珠湾攻撃！「トラトラトラ」奇襲成功の合図！栗原は櫂のために命をかける！“劇動”の第３３巻！

学問に励む時間は何物にも代えがたい幸せだった……。無事に帰還し、宿題の答え合わせをする。若き航空兵が胸に抱くのは、櫂と交わした約束のみ。……だがしかし、若者の夢を打ち砕く新たな大問題！「大和」が消えた！？アメリカが本腰を入れて反撃開始！櫂の心揺れ動く第３４巻！！

対米戦争への勝利のため、国民の一致団結を訴える内閣総理大臣・東條。だが内心では、真珠湾攻撃の成功に安堵し、先行きを楽観していた。一方ハワイ沖の櫂は、満天の星空の下、悲しみに打ちひしがれながら、戦死したパイロット・栗原の遺体に付き添っていた……。開戦に沸き立つ日本国民！納得できないのは櫂ひとりだけ！？再びタッグを組んだ櫂と黒沼！次なる戦い始まる第３５巻！！

ミッドウェー攻撃作戦の計画書を提出するため、単身軍令部へ赴く櫂。今泉という男が出迎えるが、態度や言動の真意が掴めず、櫂は警戒心を強める。外部から作戦を持ち込む櫂に対し、強い抵抗や妨害が待ち受けていることを覚悟の上で、櫂はいよいよ軍令部上層部に接触する……。軍令部の堅物と激しく衝突！？沈没艦に現れたアメリカ潜水員の目的は……？最後の希望、ミッドウェー攻撃作戦は実現できるのか！？新たな展開が幕を開ける第３６巻！！

最後の希望、あるいは最後の絶望。この瞬間、戦争が終わる。「大和」は使用されず、沈みゆく日本とともにある。軍令部は櫂が提案したミッドウェー海戦の採用を決定する。しかし、海戦に一極集中させるはずの戦力を事前の戦闘で多数失い、作戦の修正を迫られる。そこで櫂は「大和」の実戦投入を構想。巨大戦艦の大胆不敵な活用法を提案する。暗号が解読されたことを日本は未だ知らず……。田中は決死の覚悟でミッドウェー最前線へ！戦後、櫂の処分はどうなる！？戦争の終結、そして最終章へ突入する第３７巻！！

追い詰められ、自責に駆られ、その先に櫂が見出したものとは。櫂と東條、因縁の二人が最後に交わした言葉。櫂の口から語られる「大和」の最期。数学で戦争を止めようとした男・櫂直。彼が辿り着いた未来がここに。終戦後、櫂は戦争犯罪人の嫌疑をかけられ、巣鴨拘置所に勾留されていた。連合国軍総司令部からやってきたデビット・クロス陸軍少佐により、取り調べが開始されるも、櫂は証言を拒否。デビットは櫂を戦争犯罪人として処刑するため、激しい口調で櫂を追い詰める……。