日米和平協議、炎上中。戦艦「大和」をアメリカに売却！？米大統領ルーズベルトも姿を現し、ますます紛糾する日米和平協議。櫂がキーパーソンだと即座に見抜いたルーズベルトは、別室で櫂と二人きりでの交渉を要求する。困惑する周囲をよそに櫂はこれを受諾。異例中の異例、大統領と海軍少将の一対一の交渉が始まる。すると突然、ルーズベルトはポケットから拳銃を取り出し櫂に銃口を向けた――！！日本で、アメリカで、運命が大きく動く第２１巻！！

日本を動かす重鎮、一挙集結。日米協調か、対決か。近衛文麿別邸にて、超極秘会議が始まる！近衛文麿の別邸「荻外荘」に日本を動かす重鎮たちが集まり、日米和平協議の報告会議が始まった。情報漏洩防止のため、合意内容は文書ではなく口頭で伝えられる。まずは牟田口が合意内容の第一項目「日本軍の中国からの撤退」を報告すると、東條英機が激昂。牟田口と櫂に、合意を取り下げるよう迫る。日米合意報告会議で、櫂が窮地に立たされる第２２巻！！

櫂、逮捕！？　特高警察・藪本の暴走で、命の危機‥！！大詰めを迎えた日米和平協議の報告会議。「大和」売却に猛反発する山本五十六に対し、櫂は売却益３０億ドルを使い、インフラ整備を中心に豊かな社会の実現を目指す「日本改造計画」を披露。政治家たちの心をつかむが、それでも山本と東條英機は反発の姿勢を崩さない。すると突然、意外な男が口を開き、櫂に助け船を出した――。「アルキメデス」史上、最もハードでバイオレンスな第２３巻！！

櫂、まさかの艦隊勤務！　 新天地は連合艦隊旗艦「長門」。帝大同期の旧友・前田によって藪本の拷問から救出された櫂は、病院に搬送され入院することに。その後、海軍上層部では、櫂の処分を決める話し合いが行われる。吉田と嶋田は退院後数週間の謹慎処分を妥当とするが、「大和」売却を阻止すべく、櫂を日米和平協定締結の実務作業から遠ざけたい山本がこれに反対。より厳しい処分である艦隊勤務を要求する。新たな地で、櫂がクセモノたちに翻弄される第２４巻！！

連合艦隊の主計科に赴任した櫂は、旗艦「長門」の艦内で行われる兵棋演習の記録係を務めることに。作戦の舞台は、ハワイ・オアフ島。日本海軍の指揮官は黒沼。櫂は、軍人たちの前で「暁作戦」を披露し支持を集めようという山本五十六の魂胆に気づき、危機感を抱く。そしていよいよ演習が始まった――！！兵棋演習で、日本と米国が、櫂と黒沼が激突する第25巻！！

兵棋演習第二戦。ミッドウェー沖で米軍を率いた櫂は、黒沼率いる日本軍を撃破。その勢いのまま、日本が米国と戦争することがいかに愚かかを説く。しかし黒沼は、国力の差を戦略で上回り勝利を収めることこそが参謀である自身の使命だと主張。議論は平行線のまま終わる。一方その頃、横浜で建造中の「大和」で事件が起こる……。戦艦「大和」炎上。艦内で発生した火災により、男たちの運命が狂い始める……。風雲急を告げる第２６巻！！

鋼材不良問題により建造中止の危機に陥った横浜の「大和」。建造再開を目指す櫂は、改修案を出すべく船殻強度の再計算を始める、一方、桑野は、帳簿を洗い出し、「大和」で使われるはずだった特殊鋼が呉に横流しされていることを突き止めた。しかしその翌日、海軍省では、嶋田が櫂に「大和」を廃艦すべく、緊急会議を招集する。１９４１年到来ーー日本の運命が決まるＸデー迫る。難題山積の中、櫂は日米開戦を止められるのか!?　櫂、男泣き……。桑野、激昂……。黒岩、朦朧……。平山、嘲笑……。海軍情勢、複雑怪奇！　そして日本が開戦へと突き進む第２７巻!!

米国に売却するはずだった横浜の「大和」の廃艦が決まり、櫂は日米開戦を覚悟。短期決戦・早期講和の道を模索することに舵を切る。早速、真珠湾攻撃後、戦艦を輸送船代わりにして12万人の陸軍上陸部隊をオアフ島へ送り、ハワイを占領するという計画を考案。大本営政府連絡懇談会絡に出席し、陸軍の協力を要請することとなった。そしてついに真の「大和」が表舞台に姿を現す第28巻!!

柱島を通過する「大和」に乗艦した櫂は、艦内で平山と遭遇。平山は櫂に勝利宣言をするが、櫂は一歩も引かず、平山の「大和」を理念なき時代遅れの戦艦と切り捨てた。そして「大和」の予行運転が終了に差し掛かったころ、突如、山本五十六が主砲の試し撃ちを命令。艦上は騒然となる。

「ゼロ戦」開発における堀越二郎の苦悩を知った櫂は、堀越をユダヤ人科学者・シュバルツたちのもとへと案内する。堀越はそこで最先端のガスタービン発動機を目にし、失っていた航空機設計への夢を取り戻した。そして帰り道、櫂はシュバルツより、旧知のナチス将校・ハインリッヒからの手紙を渡される。