自分の居場所を守るため、師匠越えに挑むほたる!!　己のすべてを出し切るも師・遊庵（ゆあん）に一蹴される!!　まさに絶体絶命の瞬間、ほたるに“紅い”兆しが……!!

自分の“限界”を超えるため、命を賭して時人（ときと）に挑むアキラ!!　そのアキラの生き様に、自らもまた命を賭して“友情の太刀”を手渡す紅虎（べにとら）!!　“才能”を振りかざす時人に二人の漢の熱き想いが通じるか!?

壮絶な死闘の末、アキラに敗れた時人（ときと）。負けを認めない彼女に四方堂（しほうどう）の口から、壬生（みぶ）再臨計画の真相と時人の秘められた生い立ちが明かされる！　一方、壬生一族最大の秘密を知る朔夜（さくや）を葬るため、ついに先代“紅（あか）の王”が動き出した！ 朔夜を連れ逃げるゆやと幸村（ゆきむら）、十勇士（じゅうゆうし）たちは無事、“紅の塔”を脱出できるのか!?

ひしぎに操られ、殺戮兵器『阿修羅（あしゅら）』となって自分たちに襲いかかる灯（あかり）を救うため、狂（きょう）は自ら灯に戦いを挑む。同時に吹雪（ふぶき）vs.辰伶（シンレイ）の師弟対決も開始！　吹雪の圧倒的な力の前に辰伶はまったく歯がたたないが、その時ほたるが現れた！　二人は異母兄弟（きょうだい）の絆を武器に吹雪に立ち向かう!!

ついに“紅（あか）の塔”上部に辿り着いた狂（きょう）たちは吹雪（ふぶき）とひしぎ、2人の太四老との闘いに突入!!　しかし、ほたると辰伶（シンレイ）は吹雪の圧倒的な力の前に敗れ、狂もひしぎの一撃を受けて意識を失う。絶体絶命の危機のなか、吹雪が辰伶たちに話し始めたのは、壬生（みぶ）一族最大の秘密だった!!

先代“紅（あか）の王”の非道な行いに怒り心頭の狂（きょう）の前に、最強の刺客として立ちはだかったのはなんと壬生京四郎（みぶ・きょうしろう）！　狂の奥義をことごとく陰の太刀で受け流し、狂を圧倒する!!　狂は真の“紅き眼”で対抗するが、それすらもかなわず――意識を失った狂に勝機はあるのか!?

黄金色（こんじき）の神風（かぜ）が吹き、鬼眼の漢が大地に立つ!!　そして明かされる壬生京四郎（みぶ・きょうしろう）の真の想いと、悲しき過去――。先代“紅（あか）の王”の逆鱗に触れた今、 次々に斃れゆく鬼眼の戦友（とも）たち!!

先代“紅（あか）の王”との激闘のなか、勝つために自らかつて一族を滅ぼした“鬼神”と化して暴走する狂（きょう）！　もはやこれまでと思われた時、命をかけたゆやの必死の呼びかけに狂の背中が光り輝く――!!　『SAMURAI DEEPER KYO』ついに感動のフィナーレ!!