高校生・藤井八雲は、ひょんなことからチベットから来た少女パイと出会う。行方不明だった八雲の父親の手紙を持ち、自らを伝説の妖怪「三只眼」の唯一の生き残りであると告白するパイ。最初は半信半疑だったが八雲だが、パイによって不老不死の力を得てしまった彼はその妖力を信じるように…。永遠の命を捨て、「人間になりたい」と願う２人が繰り広げる伝奇ミステリーアクション巨編、遂にスタート！！

香港での死闘を乗り越え、無事帰還したパイと藤井八雲。高校の仲間との平穏な日常生活に戻る八雲だったが、パイから授かった不老不死の力で仲間たちから距離を置かれることに…。仲間を闘いに巻き込まないため、そしてもう一度、人間に戻るため、パイと共に日本を旅立つ決意を固めた八雲だったが、そんな時、大切な仲間のひとりである夏子が、パイの存在を嗅ぎつけた妖怪に、身体を乗っ取られてしまう！

闇の王「鬼眼王」の復活を阻止するため、八雲の元から一人旅立っていったパイ。そしてそんなパイを見つけ出すため、八雲も修行の旅に出る――。それから４年もの年月が流れ、やっとパイを見つけ出した八雲だったが、パイは妖怪としての能力も、八雲と過ごした闘いの日々の記憶も失い、普通の高校生として日本で生きていたのだった。

記憶を失い、自分が聖なる力を持った妖怪であることも思い出せないまま、密かに八雲に惹かれていくパイ。パイの記憶を取り戻すカギとなる、３つの目が描かれた香炉の存在を雲南省に見つけた八雲は、中国に飛ぶことに。そこで待ち受けていたのは、八雲の妖力をも凌ぐ、無慈悲な妖怪「狼暴暴」との闘いだった！

パイの失われた記憶、そして三只眼の聖地を見つけ出す鍵となる香炉を求め、中国へやってきたパイと八雲は、不老不死の術を得ようとするトレジャー・ハンター、マクドナルドと共に旅を続ける。途中、聖地を守ろうとする僧たちに捕らわれてしまう３人だったが、パイが三只眼と判明すると、僧たちの主である僧院長は、パイに三只眼の故郷についての、ある重要な情報を伝えるのだった。

中国での闘いを乗り越え、東京で調理師学校へ通い始めた八雲。平穏な生活をしばし楽しみ、パイと共に「人間に戻る」決意を新たにする八雲だったが、そんな中、東京湾岸でイナゴの大発生が…。大発生の原因が三只眼の聖地と関わりがあると知った八雲とパイは、聖地への鍵となる短刀を探すが、悪しき妖力を持ち備えたこの短刀を、八雲の調理学校の友人が偶然手にしてしまう…。

三只眼の秘密を暴き、人間に戻るため、「聖魔石」を探し出すことを決心したパイと八雲。再び香港に旅立つ２人だったが、２人の乗った飛行機が古代インド時代から続く憑魔一族に襲われ、墜落してしまう！三只眼が持つ不老不死の力を求めパイを誘拐した憑魔一族を救い出すため、八雲は香港の仲間と共に、インド北西部の小国リンド共和国へ飛ぶ！血煙と混沌のインド編！

誘拐されたパイを救うため、インド北西部の小国リンド共和国にやって来た八雲たち。そして、不老不死の肉体を得て憑魔一族を存続させることのみならず、全世界の掌握をも企む一族の若き王ガルガ。パイの妖力を勝ち取るため、老王やの反発も押し切って冷酷非道な闘いを挑むガルガに、八雲は劣勢を強いられてしまう…。

憑魔一族を抑えた八雲に、香港の妖怪社から妖怪退治の仕事が舞い込んでくる。イヤイヤながら仕事を引き受け、マレーシアに飛んだ八雲は、日本企業や日本人ばかりを狙った残虐な犯罪を目の当たりに…。一方、新たな仲間ハーンが加わり、人間になるための決意を新たにしたパイたちに、三只眼の謎を紐解く「聖魔石」がエジプトに存在する、との情報が！

エジプトに飛んだ八雲たちは、三只眼の謎を解明する「聖魔石」のかけらをついに発見！この「聖魔石」を使い、闇の王「鬼眼王」の残存思念を呼び起こせば、人間になる方法も探りだせるのだ。長い旅を終え、パイと平穏な生活をすることを望んでいた八雲だったが、三只眼の意識が鬼眼王の強力な思念に捕われ、パイは永遠の眠りについてしまう！そんなパイを救い出すため、八雲とハーンはパイの精神世界へ潜入する。