忍者として修行をしていた伊賀野影丸・通称カバ丸は、祖父・才蔵の死後、人里離れた山奥でろくな食事もせずに暮らしていた。そこに祖父の若かりし頃の恋人・大久保蘭が出現！　“きちんとした食事”に釣られたカバ丸は、大久保蘭が院長を務める名門・金玉学院に入学することに…。そこでカバ丸は、夢にまで見た美しきお弁当と、院長の孫娘・大久保麻衣に出会う。

山奥の生活から一転し、東京の名門学院に通い始めたカバ丸。彼には同じ学院に通う麻衣が美しく見えた。が、麻衣にとっては、あこがれの沈寝さまと正反対の、大食い・野蛮・不潔なカバ丸がめざわり。ところが、そんな麻衣の思いとは裏腹に、カバ丸は弁当の一件以来、学院のスターに。さらに駅伝大会を機に沈寝がカバ丸に急接近！　カバ丸、沈寝、麻衣の奇妙な三角関係が始まる。

金玉学院の陰の番長・沈寝は、カバ丸が伊賀忍者の末裔であることを知り、その力を金玉学院を中心とする諸星連盟の勢力強化に利用しようと考える。かつて連盟加入を断った王玉学園の生徒会長・前島の身辺を探るべく、前島の部屋に忍び込んだカバ丸と野々草かおるは、ある地図を発見。そこには王玉の動きを知る重要な手がかりが…。

ライバル校の王玉学園が“打倒・金玉学院”を掲げて厳しい訓練をしていることを知った沈寝は、その対応策として、「冬休み伊賀野カバ丸体力づくりの会」と銘うった強化合宿を企画。おだてあげられて名誉会長になったカバ丸は、生徒会の役員や運動部を引き連れて生まれ故郷の山奥へ向うものの、合宿先では怪事件が続発し――!?

カバ丸によって吹雪の中から救出された麻衣。寒さのあまり両親の幻影を見たり、カバ丸がこしらえたゲテモノの特効薬で奇妙な夢を見てしまったりと散々な合宿生活だったが、助けてくれたカバ丸の優しさにちょっぴり心がゆらいだ模様。その頃、王玉学園は、金玉学院と雌雄を決するため、「第一回関東スプリング高校野球大会」を提案する。

金玉と王玉のしれつな戦いは、関東スプリング高校野球大会の開幕で、さらにエスカレート。ライバル校の王玉学園は、ミハイル・ダンテという秘密兵器をアメリカから転入させ、カバ丸と兄弟同様に育った疾風をコーチに迎えいれる。一方、金玉学院もあわててカバ丸を中心とした新チームを結成するものの、肝心のカバ丸は野球のルールなどまったく知らない。はたして大会までに間に合うのか!?

いよいよ関東スプリング高校野球大会が開幕！　個性的な忍衣装のユニフォームでひときわ目立つ金玉学院の初戦は、“コンピューター野球”の異名を持つ真新学園！　カバ丸の大活躍に注目が集まるものの、肝心のカバ丸はどういうわけか9回まで眠ったまま。このまま金玉学院は一回戦で敗退してしまうのか――？

関東スプリング高校野球大会もいよいよ大詰め。カバ丸の驚異的な活躍により、何とか決勝戦まで勝ち進んできた金玉学院は、いよいよ王玉学園との直接対決を迎える。カバ丸とミハイル・ダンテのマウンド対決や、ホームラン合戦で大白熱する決勝戦もとうとう最終回に突入！　バッターボックスに立つのはもちろんあの人――!!　【同時収録】ソウルの願い

金玉学院に入学後、とっぴな性格と人並みはずれた行動力で活躍してきたカバ丸。ところがカバ丸は突然山に帰らなければならなくなった。なんと祖父の才蔵が生きていたのだ。カバ丸はやむを得ず、大好きなやきそばと麻衣に別れを告げ、祖父の伊賀野才蔵、霧野疾風とともに山に帰っていくのだが…。　【同時収録】染まりそっっ

沈寝家を訪れたハリールは、後継者争いから身を守るために日本に潜伏してきたアラブの王子様。いくら秩序のある金玉学院とはいえ、ハリールがトラブルに巻き込まれないかと心配な沈寝の不安は的中！　忍者にあこがれるハリールは、なんとカバ丸に弟子入りしてしまう。次第に下品な振るまいや口調が多くなっていくハリールは――。