【現代に生きる忍びの闘い！】スポーツの名門校、白凰学院はライバル校である誠士館に卑劣な手口で有力選手を引き抜かれ衰退の一途を辿っていた。学院の崩壊を防ぐため、総長の要請を受け忍の風魔一族から小次郎が出陣し、ライバルの誠士館が使う夜叉一族という忍と激突する!!　闇の世界を風のように生きる、忍の闘いが幕を開ける!!

【風魔集結！】誠士館の忍・飛鳥武蔵の必殺技「飛龍覇皇剣」をくらい、小次郎は重症を負ってしまう！　そんな窮地の小次郎を助けたのは、各地に散らばっていた風魔の兄弟達だった！　武蔵は風魔一族の動きを察知し、彼らをこの世から完全に抹消するため、夜叉八将軍を招集する！　風魔と夜叉の最強戦士達が集い、血で血を洗う死闘が始まる！

【決戦！風魔対夜叉】死闘の末に風魔も夜叉も無傷で残る戦士は四人。　風魔の超能力戦士・竜魔は必殺技「死鏡剣」で夜叉の陽炎を打ち倒すが、同じく超能力戦士であった武蔵に破られ絶体絶命！　そこへ、小次郎が伝説の剛刀「風林火山」を手に現れ竜魔のピンチを救う！　圧倒的な力を示す風林火山だったが、武蔵の木刀も真の姿「黄金剣」へと変化し…！

【華悪崇見参！】互いに聖剣を持つ小次郎と武蔵の死闘は、武蔵の妹の死をきっかけに終わる。だが、死闘を終え里に帰った小次郎達を待っていたのは、何者かに襲われて全滅した風魔の里だった！　風魔に牙をむいたのは銀色の髪と目を持つ謎の集団「華悪崇(カオス)」！　小次郎は、生き残った風魔の戦士と共に新たな戦いに挑む…！

【明かされる聖剣の伝説！】華悪崇の目的は10本の聖剣をすべて集めることだった！　聖剣の継承者である小次郎、武蔵は華悪崇の襲撃を受けるが、それを退ける！　そこへ聖剣「紅蓮剣」に選ばれた男・伊達総司が現れる。聖剣に聖地へと導かれた3人は、聖剣を巡りカオスとコスモ、2つの勢力が4000年に渡り、聖剣戦争を繰り返していたことを知る…。

【コスモの戦士集結！】真実を知った小次郎たちコスモと華悪崇の戦いは、「雷光剣」を持つ華悪崇・涅絽(ネロ)がもたらした皇帝の勅命により一時休戦となった。残る聖剣の持ち主を探すため白霊山を訪れた小次郎は、聖剣「白朧剣」と共に眠っていた死牙馬(シグマ)と出会う！　また、風魔の竜魔も聖剣「征嵐剣」に選ばれ、コスモの五戦士が集結！　運命の決戦が迫る!!

【最終戦争、ついに勃発！】聖剣の意思によって決戦場である「聖地」に集結した小次郎たちコスモと華悪崇。だがそこは、戦闘終了後に聖剣を残して戦士が「消える」死闘のフィールドだった…！　一人残された小次郎は、華悪崇・涅絽との闘いに挑もうとするが金縛りにあう。そこへ超能力戦士・飛鳥武蔵が聖剣「黄金剣」を手に現れる！

【圧倒的な鳳凰天舞の力！】武蔵は「黄金剣」で涅絽を破り、勝利を収める！　しかし、勝利を収めたはずの武蔵も消えてしまう。たった一人残された小次郎の前に、最後の華悪崇・華悪崇皇帝が現れる！　圧倒的な力を持つ皇帝の聖剣「鳳凰天舞」の前に倒れる小次郎。更に消えていった仲間達や華悪崇が「鳳凰天舞」に操られ小次郎に襲いかかる…！　孤独な闘いに勝機はあるのか!!

【聖剣戦争決着！】窮地に陥った小次郎の魂が聖剣「風林火山」の真の姿を解き放ち、皇帝の持つ「鳳凰天舞」と対等の力を得る。小次郎は竜魔の導きと、風林火山の力を借りて皇帝を討ち、ついに4000年に渡る聖剣戦争の輪廻を断ち切る！　激闘から3ヶ月。華悪崇の襲撃を逃れた風魔一族に、一族新生を掲げる夢魔によって反乱が起こる！

【小次郎は風のように生きる！】新生風魔の首領を名乗る死紋は強力な精神支配を使い、風魔一族を洗脳し戦わせていた。死紋の目的は必要な戦い以外はしない風魔一族を変え、力によって忍の世界を支配することだった！　小次郎は死紋の野望を防ぎ、風魔一族を元に戻すため、最後の戦いに向かう！　忍の世界を駆け抜ける風の伝説、ここに完結!!