バベルにて「ザ・チルドレン」の超能力訓練中、皆本の知り合いと名乗る女性が訪ねてきた。対面した皆本と女性がハグするのを目撃し、怒り狂う「ザ・チルドレン」。しかも、彼女は現在国際月ステーションの米国のプロジェクトメンバーで、皆本の元・彼女と判明する！　皆本のコメリカ留学時代の悲しい思い出とは…。

「黒い幽霊（ブラック・ファントム）」によって洗脳された少年と兵部の死闘。エスパー同士の争いに終止符を打つため、薫は２人のもとへ乗り込む。少年をなんとか生きたまま救いたい薫は、兵部が止めるのも聞かず少年と対決する。そして、薫の不在時に現れた、黒い幽霊の次なる刺客・ティム・トイ。オモチャを使った能力により、紫穂と薫が絶体絶命の危機に…。

70％の確率で生物汚染が起きるとの予知に基づき、現場の大学研究所に急行した皆本と「ザ・チルドレン」。そこではなぜか研究員たちが互いにどつきあって倒れていて、怪しげなハエが飛び回っていた。さらに紫穂にとまったハエの１匹が彼女に取り憑き、「コレカラハ蠅ノ時代ナノダ」と宣言して…。

１年半前の「ザ・チルドレン」と皆本との出会いのエピソード。皆本にリミッターを外させることに成功した「ザ・チルドレン」は、緊急出動に便乗して脱走を計画。一方、皆本は桐壺局長から「ザ・チルドレン」の指揮官に志願してほしいと懇願されていた。頑なにそれを拒否する皆本だったが、そこへ衝撃の知らせが…。

超能力の暴走によるダメージをいやすため自宅待機中の薫の元に現れた、澪ら「パンドラ」のエスパーたち。「黒い幽霊」に操られたエスパーとの戦いに力を貸してほしいと頼まれ、仕方なくついて来た薫だが、体そのものを粒子に変える合成能力者ひとりを相手に大苦戦。澪は兵部の言いつけで薫のガードをするが、澪の仲間が苦戦する姿を見た薫は戦う意志を見せ始め…。

晴れて小学校を卒業したチルドレン。卒業式で感涙する皆本が冷やかされたりしたその後、バベルからは、一人前のエスパーとして３人に新たな制服が支給された。さらに、いつまでも皆本と同居は良くないということで、各自実家に戻るようにとの説明を受けるが、チルドレンは猛反発。特に実家が京都の葵は、学校まで離ればなれになることに耐えきれず…!?

クラスメート・ちさとの誕生日パーティーを計画していた薫たち。だが、その日に空港で大事故が起こるとの予知が出て、超度７の「ザ・チルドレン」でなければ事故を止められないという事態が発生！　幸いまだ予知時刻まで50時間もあり、当日を待たずに防止も可能ということだが…？　一方、同じくパーティーに呼ばれた悠理は、プレゼントの買い物中に「影チル」と出会い…。

ここ数年、活動の中心を海外に移していたパンドラが日本に戻ってきた。バベルは、パンドラが絡む事件には無条件でトップチームを出動させることを決め、当然ザ・チルドレンもその対象に。だが、チルドレンがまだ中学生であることに配慮して、新たな特務エスパー２人をサポートに付けることに。「ザ・イクスプロレイター（診察者）」「ザ・スリーピング・スノーホワイト（眠れる白雪姫）」と名付けられたその２人とは…？

首都圏を襲った謎の霧の正体は、黒い幽霊の娘（ファントム・ドーター）がチルドレンをおびき寄せるために撒いた、強化アレルゲン杉花粉だった。彼女を追跡する皆本たちだが、相手の攻撃を受け、薫が顔から大量に出血し倒れてしまう。もっともそれは催眠能力で見せた幻覚で、実際には薫はほとんどケガしていなかったのだが…。

日本最強のエスパー少女トリオ｢ザ・チルドレン｣の明石薫・野上葵・三宮紫穂は中学生に成長、思春期な乙女心を抱えつつ、彼女たちの指揮官・皆本光一と日々奮闘中!!中学生初の定期試験も無事終了、間近に迫った薫の誕生日を祝おうと、葵や紫穂はサプライズイベントを企画するが、そこに最近チルドレン達に攻撃をしかけてくる｢黒い幽霊の娘｣がまたもや不穏な動きを見せ…。