未曾有の大災害“奇跡の夜”により、一夜にして植物に飲み込まれた東京23区。それから５年、トーキョーガーデンで音信不通となっている庭師の兄を捜すため、イギリスから椿屋リンネがやって来る。細胞の一部が植物化する――緑化症（ボタニックシンドローム）を持つ少女リンネのマジでワンダーな大冒険が始まる!!!

植物の異常繁殖で一変した東京23区。不思議な力・緑化症を持つ少女リンネは、行方不明となった特級庭師の兄が東京上空を浮遊する島“空中庭苑”にいるかもしれないという噂を聞き、自身も庭師となる決心をする。そんな中、突如“空中庭苑”が墜落する事態が発生し…。大東京植物冒険ファンタジー堂々完結!!!