ラインバレルに向き合うため、そのファクターであった城崎天児（きざきアマガツ）とのコンタクトを取る浩一。だが、ラインバレルの中で見せられたものは、人類滅亡の真実だった。人類のため全てを失った天児が問う“正義”に対して、浩一の答えは――!?

城崎天児は最期に、浩一と敵であるはずの加藤の協力を願った。それが意味するものは、未知なる「真の敵」が居るということ。その答えにたどり着けなければ、人類は“また”滅亡の道を進むことになる――。

現存する全てのマキナにファクターを生もうとした石神。現存する全てのマキナにファクターを生まないようにした加藤。全く、違う道を歩みながら、二人の思いは同じだった。「人類を救うため」――――――天より出現した「ヒトマキナ」を前に、今、その思いが繋がる――!!

月面での捨て身の特攻計画。そこで繰り広げられた戦闘は、加藤機関に予期せぬダメージを与える。そして物語は最終局面へ――。満身創痍の中、戦い続ける加藤機関のメンバーたち。その戦いの中に突如現れた謎のマキナ。はたして、その正体は――!!?

加藤機関に所属したことが原因でアイドルを辞めることとなった美海。そのラストステージで彼女を待っていたのは、暖かな応援ではなく冷酷な罵声だった。絶望と怒りが美海の心を壊し、きらびやかな舞台は惨劇のステージへと変わる――。

ヒトマキナとの戦いの中で窮地に陥った城崎。それを救ったのは、3年間行方不明になっていた浩一だった。「正義の味方」の復活により、舞台は最終局面へ――。そしてヒトマキナの特使・リンカーンとの戦いの中で、浩一は世界改変の真実を知る！！

月に向かい、デウスエクスマキナを倒すと決めた浩一たち。だが、超巨大ヒトマキナ・終焉（デス）の襲来が行く手を阻む。人類の存亡をかけた戦い。その中で、思いもよらぬ凶刃が浩一を襲う――。

真の最終回「Prologue」、完全描き下ろし！！そして、そこから繋がっていく世界「鋼鉄の華」「Re:クロガネと少年」も収録！！『ディフォルメ「プラモデル」【ロストバレル】』付き特装版も同時発売！更に、完全版16巻～18巻に分割同梱された“デウスエクスマキナ”も遂に完成する！！