初代ウルトラマンであった早田進の息子・早田進次郎。彼は、父の身体に残っていたウルトラマン因子による影響で、生まれながらに特殊な能力を持っていた。平和と思えていた早田親子の生活は、突然仕向けられた敵の攻撃によって一変。進次郎は、抗えない運命に巻き込まれていく…

本物の衝撃は、ここから始まる――好評を博した第1巻を経て、いよいよ秘められた内幕が明かされ始める…。突然襲い掛かってきた敵との激しい戦闘のあと、科特隊のベッドで目覚めた進次郎。そこで、ゼットン星人・エドと出会い、彼から衝撃の真実を告げられる…。地球に迫る危機とは？　エドの目的とは？　そして、科特隊に所属する「諸星(モロボシ)」なる人物とは…？次々に起こる事件と、複雑に絡みあう人間関係…その禍に巻き込まれる進次郎は、「ウルトラマン」として戦うことを受け入れられるのか…？

ウルトラマンとして戦うことに迷いと悩みを抱えたまま、諸星(モロボシ)に連れられ異星人の街を訪れた進次郎。そこで、「ジャック」という名の情報屋に出会い、ケンカに巻き込まれてしまう。一方、警察と科特隊が追う謎の連続殺人事件では、新たな犠牲者が発生していた。犯人を追うなかで、ついに、諸星が動き始め……！？新世代ヒーロー伝説、衝撃の新展開！！

初代ウルトラマンであったハヤタ・シンの息子、早田進次郎、高校2年生。彼は、父の身体に残っていた「ウルトラマン因子」が遺伝し、生まれながらに超人的な能力を持っていた。地球に迫っている危機を知り、科特隊に要請され、ウルトラマンスーツを着て“等身大”の姿のまま戦うことになった進次郎。しかし、まだ17歳の普通の高校生である進次郎は、異星人といえど、命を奪うことに痛みを感じ、戦うことへの苦悩が生まれる…。そして、自分と同じく、ウルトラマンスーツを着て現れた諸星の姿―――躊躇なく異星人を抹殺していくその様に、進次郎は圧倒される。進次郎のゆらぐ気持ちを知ったエドは、彼の“ウルトラマン因子”を開花させるべく、ある秘策を立てるが…新旧ウルトラファン必読！あのキャラも巨大化！？待望の第4巻発売！！

熱狂と歓喜にあふれた佐山レナのコンサート会場は、戦慄のステージへと変わる。連続殺人事件の犯人を追う進次郎たちは、観客の前でアダドとの戦いに入るが、そこにはベムラーの姿も！交差する戦い、錯綜する想い。“狂乱のショー”のエンディングは――。さらに、進次郎の前にあらわれた謎の美少年“北斗（ホクト）”。彼の狙いはいったい――!!?

科特隊が知らない「ウルトラマンスーツ」。それを纏っていたのは、進次郎の後輩・北斗（ホクト）だった。異星人との戦場に現れ、現場をかき乱していく北斗。周りは、その行動の無秩序さに戸惑うが、その裏には様々な思惑が見え隠れして――。 北斗の真の姿は“切り札（エース）”なのか、“道化師（ジョーカー）”なのか――！！

北斗の裏の顔を見てしまった新次郎は、そのまま北斗と戦うことになってしまう。スーツを纏っていない進次郎に対し、容赦ない攻撃を仕掛ける北斗。万事休すかと思われたところに、諸星が参戦する。同じ地球人同士での戦闘を止めようとする進次郎だが、諸星からの返答は「僕は地球人じゃない――」というものだった。一方、圧倒的な力の差を見せつけられ打ちひしがれる北斗だが、そこに北斗が追う「航空機事故の実行犯」の手掛かりが舞い込み――。

夕子（ユウコ）の存在を守るため、北斗（ホクト）は戦場に立った。しかし、エースキラーの力は圧倒的だった。ジャックやレッド、ウルトラマンスーツを纏ったハヤタも参戦するが、互角以上に渡り合うエースキラー軍団。無力さを痛感し、戦うことを放棄しかける北斗だが、進次郎の「お前もウルトラマンなんだろ」という言葉と、夕子への誓いを思い出し、覚醒――。

N.Y.で写真家を目指す一人の日本人青年がいた。その名は「東光太郎（ヒガシコウタロウ）」。異星人の存在を追っていた彼は、事件に巻き込まれ絶命。だが、その場に残された薬物の力で息を吹き返し、スーパーパワーを手に入れる。力を得て彼が選んだのは「街の平和を守るヒーロー」になること。だがそれは、世界を賭けた戦いへの第一歩だった――。

異星人の街から逃亡した「暗黒の星」の目的は地球の侵略だった。手始めにN.Y.に攻撃をしかけようとする「暗黒の星」に対し、光太郎は、自らの名前の「光」を捨て“タロウ”と名乗り、戦うことを決意する。攻撃開始まであと6時間――。最大の危機に、戦士たちはN.Y.を目指す。この戦いには、地球の未来がかかっている――!!!