進次郎、諸星、北斗、ジャック、タロウ――そしてハヤタ。「暗黒の星」の地球侵略を阻止すべく、光の戦士の反撃が始まる。生き別れた諸星の弟・レイの存在、戦禍に巻き込まれたレナの安否、そして、「暗黒の星」の真実……。すべての答えは、戦いの果てに――。

N.Y.での「暗黒の星」との戦いに続き、また新たな戦いが始まる。星団評議会を裏切り、香港に逃亡していたアダド。そこに差し向けられる。「獅子」の名を冠する二人の刺客。解き放たれた獣同士の戦い――その決着は、生きるか死ぬかの二択のみ。

科特隊VS.星団評議会の戦いの縮図となった香港。新たな力を得た進次郎と諸星が、獅子兄弟と相まみえる！実力伯仲の両者の間で、揺れ動く趨勢。だが、その時星団評議会が非常の決断を下す！！

悩む進次郎のもとへN.Y.にいるはずのレナが現れる。突然の来訪に浮かれる進次郎だが、レナは何か相談したいことがあるようで…。一方その頃、異星人による連続殺人事件が発生していた。この事件を巡り、科特隊、警察のみならず謎の民間科学捜査機関も動き始めていた――。

妖艶にして奔放なる謎の女・バルキー。彼女はタロウの心をかき乱し、星団評議会内部を暗躍する。評議会日本支部長・メフィストもまた彼女によって翻弄された一人。功を急ぐメフィストは、とある策で科学特捜隊に攻撃を仕掛ける。そして、それは“ウルトラマン”にかつてない脅威をもたらす事となるーー。

偽ウルトラマンの悪逆により、戦闘不能となるタロウとエース。そのふるまいに対し、悪として対抗しようとするレオとアストラ。だが、ベムラーの登場により、二人は「ウルトラマン」として立ち向かうことを決意する。また、囚われの身となっていた進次郎たちの元には、星団評議会最高議長・エドが現れ、メフィストと対峙する。役者は揃った――いよいよ、反撃の時!!!

父親だと思っていた人は、本当の父ではなかった…。知りたくなかった真実を知ってしまったレナ。更に自分の身に迫る危機に対応するため、ウルトラマンスーツを与えられた彼女がとった行動とはーー。

「ゼットンコア」の先遣として現れたテンペラーの暴威。ベムラーを失った進次郎の激情に呼応するように、スペシウムエネルギーが進次郎を侵食していく。そして、その戦いを目の辺りにしていた地球人には、静かに、だが着実に新たな疑念が伝播していく。――「ウルトラマンは何なのか」。

テンペラー星人に敗れ、ベムラーを失った。失意の底に沈む進次郎に声をかけたのは、元科特隊の嵐だった。「ウルトラマン」として戦う覚悟が揺らぐ進次郎に、嵐が伝えたのは「ウルトラマン」であったハヤタの思いであった。「倒すこと」「守ること」「奪うこと」「奪われること」……、傷つきながらも戦うべき、その意味とは、その理由とはーー。

自分の戦う理由を見つけた進次郎は、テンペラー星人との戦いの中で新たな力を手に入れた。「ULTRAMAN SUIT C-TYPE」進次郎の内なる力に呼応して輝くその光は、ゼットンコアを退けることに成功する。しかし、地球には平和を脅かす火種が育ちつつあった……。