天涯孤独のカイルはギャング団のボス、マイクに愛人との仲を勘繰られリンチされそうになる。卓越した運動神経で窮地を脱するが、思わず撃ち返した1発の銃弾がマイクの心臓を撃ち抜いてしまう。マイクの父親はマフィアのボス。このままでは殺し屋になぶり殺しにされてしまう。拘置所で絶望するカイルをロンドン警視庁のクレイグが、なんとアサシンにスカウトする。生きるかどうかを自分で決めるため、カイルはアサシンとなる決意をする。11年後、Xというコードネームのついた凄腕アサシンとなったカイルは、クレイグの指示で密かに殺しのミッションを重ねていた。一方、ある国の王が生贄を求める「大佐」を倒すためアサシンを召喚しようと…!?

「死の聖女（マリア）」と呼ばれる殺し屋の罠に堕ちてしまうカイ。だが機密情報と引き換えに死を免れる。2人の間に不思議な感情が流れる。翌朝、下着姿にエプロン1枚で朝食を作るマリア。カイはマリアを求める。扇情的な姿に欲情しただけではない。次にいつ会えるか分からないから。マリアも同じ気持ちだった。キッチンのテーブルで、ベッドで、存分に愛し合う2人。生まれて初めて出来た心を許せる相手。この世に生まれてきた意味を教えてくれた存在。だが過酷な運命はカイとマリアに幸せな時を許さない。姉の命と引き換えにカイを殺せと命じられたマリアはカイに銃を向ける。「愛してる」という言葉を残し、カイに撃たれたマリアは墜落して…!?

見知らぬ森で襲い来る謎の巨大な獣。アサシンのスキルで何とか危機を脱する。人間の痕跡を見つけ探索するカイの前に1人少女が現れ、カイを見るなり「アサシン？」と呼びかけてきた!?　まさか、彼女が俺の事を知っているはずがない。民族衣装の様な服を着ているし言葉が通じない。外国人労働者か？　なぜか彼女はカイを逃がすまいと必死に抱きついてくる。仕方なく彼女の家に行くとさらに2人の少女が。3人姉妹らしいが武器を持った男を女だけしかいない家に引っ張り込むとは、よほど切実に困って男手がいるのか。翌朝、馬車に乗せられながら辺りを見ると11～12世紀頃といった文明レベルだ。壮大な城に着くと、そこには王らしき少年が待っていた…!?

ニコラの部屋にあった夥しい数の武器。そして血に塗れた戦闘服の残骸…。カイの前にも何人ものアサシンが召喚されていた!?　かつて王国軍の大佐、モルグが王を裏切り反乱を起こした。以来、人々は搾取され若い娘は生贄にされている。ニコラはモルグを暗殺させるために異世界からカイを呼んだのだ。救世主となって貰うために。アサシンは未来の武器や知識でモルグに対抗できるだけの力を持っている。異世界に来てまで殺しをしなきゃならないのか!!　これが因果応報（カルマ）ってやつなのか？　何人も殺したから人殺しの業がついて回るのか!?　そして今年も生誕祭が近づいている。モルグが神に生まれ変わった日が…。シーナも生贄になると知ったカイは…!?

ポポロが語るロナ王国の悲劇。モルグは10年前、突如反乱を起こし国王、王妃、部下も上官も殺し、神宣言をした。毎年、貢ぎ物や若く美しい娘達の生贄を求め、抵抗すると村を焼き討ちにする。しかもアサシンが来るのを楽しんでいる。強大な力を持ち美食を食らい美女を侍らせ民を恐れ慄かせる事ができても、好敵手がいないとつまらないのだ。マララト山の地下神殿に棲みバルフォンの群れに守られたモルグには近づくのも難しい。一旦、家に帰ったカイに縋りつき豊満な体を押し付けるシーナ。男性を知らずに子孫を残せずにモルグの慰み者になるのが嫌だと言う。カイになら全てを捧げてもいいと。明らかに求められている。これは慰めたほうがいいのか…!?

城にある秘密の地下室。そこには燃えながら宙に浮く不思議な石、異世界の全てを創造したという聖石、マナがあった。それを手中にしたモルグの力は絶大で、たった1人で王国軍は壊滅状態に陥れた。ニコラを傀儡の王とし、実質的に王国を支配するモルグ。マナの力なのか、この10年間歳をとっていなかった。マナには物や人のエネルギーを増幅させる力があるらしい。ニコラの願いで司教達が祈り、異世界の軍人や殺し屋の召喚に成功したのだ。最初に召喚された男がアサシンと名乗ったので救世主＝アサシンとなったという。そして地下には代々のアサシンがたくわえて来た膨大な武器があった。それらを前にニコラは王としてモルグ暗殺をカイに依頼する…!?

4年前、シーナの村がモルグに襲われ両親は惨殺された。母親の遺体を抱くシーナに冷酷に生贄宣言をするモルグ。以来、人々は腫れ物に触るようにシーナに接している。意一見平和に見えるこの世界も生贄ありきで回っている。カイが元居た世界と同じく残酷だ。だがシーナは自分が生贄になる事でみんなの日常が守られるなら…自分で終わらなければ妹達まで生贄にされてしまうかも知れないからと、健気に耐えている。モルグの思い通りにはさせないと誓うカイ。ある日、ポポロの案内でキロン島に渡るカイとマリア。そこには虐殺を逃れた兵達の演習場があった。しかも人間と共存するバルフォンの群れが!?　驚くカイ達の眼前に巨鳥、ギーゴが舞い降りる…!?

ギーゴのボスとの信頼関係を築くために日々努力するカイ。オス同士のためか、ボスが賢すぎるのか、なかなか上手くいかない。一方マリアは順調にバルフォンとの絆を築き、料理ついでに嬉々として毒蛇の毒を採取したりしている。ここは美人の料理教室じゃない。スパイの毒殺実験ラボだ。さすが死の聖女マリア。ある日、ミーナが誘拐されカイを召喚された場所に呼び出す手紙が…!?　おそらくモルグの手下だろう。急がなければ。マリアに援護して貰いたいが時間がない。ザックを呼べばモルグのバルフォンも来てしまう。ボスは期待できない。装備を身に付け単身森へ赴くカイ。そこには木に縛られたミーナと不敵に笑うモルグ。カイとモルグの死闘が始まる…!?

ついに始まったモルグとの死闘！ 少しずつ間合いを詰めて、慎重に攻め立てようとするカイに対して、モルグはなぜか余裕綽々の様子…！ そして一瞬のスキをついて短剣で勝負を仕掛けるカイ。しなやかに攻撃をいなしていくモルグだが、ついにカイの短剣がモルグの首元を捕らえる！ 「取った！」そう確信したのも束の間、モルグの長剣にはある仕掛け（ロック）が施されていて――！？ 一転、窮地に立たされることになったカイ。 しかしモルグは、まだまだ奥の手を隠し持っているらしくて…！？予測不能の超決闘！ 果たしてカイはモルグに勝利して、シーナを救出することができるのか…！

モルグとの戦いに惨敗し、心身ともに大きな傷を負ったカイ。マリアに介抱されてベッドで治療を受けるが、その間、最悪な結末ばかりがカイの脳裏をよぎる…。このままだと大切な仲間たちを失ってしまう…夢なら醒めてくれ…！ 暗闇の中で、自分を見失いつつあったカイだったが、そばで優しく手を握りしめるマリアのおかげで何とか気持ちを落ち着けることができた。そんな中、カイ宛てに、二コラからとある贈り物が届く。小さな入れ物の中で強烈に光り輝く「何か」。その中身を確認したマリアは衝撃を受ける…！？ 果たして二コラの秘策とは！？ そしてカイは無事立ち直ることができるのか！？