部下の伊藤君への恋を自覚し、即失恋した桐生玲央(40歳)は、傷心の中、お酒を飲んで公園で寝入ってしまい、そのまま死んでしまった。次に目覚めた時には、なんと異世界の10歳のデブで不細工な悪役令息・レオに生まれ変わっていて……!?　どうやらここは、サラリーマン時代に携わった、人気アプリ漫画「異世界カーストクロニクル」の作品の中だと気づく。レオは、他の義兄弟の皇位継承者を殺したことで処刑されるキャラクターだったのだ…！　真面目で優秀なサラリーマンだったのにクズみたいな男に転生するなんて！　将来殺されないよう、勉学に励み、義兄弟とも仲良くし、誰も殺さず殺されず平和な未来を目指す予定だったが……。きらたが描く悪役令息という運命のフラグを折るごとに、未来が変わる異世界ΩバースBLストーリー！

玲央は悪役令息・レオの運命を変えるべく義兄弟の皇子達とも仲良くし、誰も殺さず、殺されず平和な未来を目指す予定だった。しかし第３皇子のハルには、嫌われるどころか惚れられてしまう上に、キスをされる。するとその後、デブでチビで不細工な姿が、見目麗しい姿になり…。なんと自分が千年に一度生まれるという聖女・オメガだと言われ……!?きらたが描く悪役令息という運命のフラグを折るごとに、未来が変わる異世界オメガバースBLストーリー！

千年に一度の幻の聖女・オメガとなり、３人の皇子と契りを交わすよう皇帝に命じられた玲央。一方、義兄弟達は契りを交わすことを回避する方法を考えようとしてくれ、改めて彼らと仲良くしておいてよかったと思うのだった。しかし突如、第一皇位継承者であるロイドが、玲央を無理やり抱こうとし……。するとそこへ、ハルが助けに入り、シャルの手引きによって“魔獣の国”へ一時逃亡することになり――。きらたが描く悪役令息という運命のフラグを折るごとに、未来が変わる異世界オメガバースBLストーリー！

魔獣の国でハルと幸せなひとときを過ごす玲央は『このままずっと二人でここにいられたら…』とまで考えるようになっていた。ハルも玲央がどんな容姿であっても受け入れ、キスをしてしまう。そしてハルのキスで再び美しい姿になった玲央は、そのままハルと最後までシてしまうのだった。そんななか、迎えにやってきたシャルの話によると、なんとロイドが暴走し、原作のレオの立場になっていることがわかり――!?きらたが描く悪役令息という運命のフラグを折るごとに、未来が変わる異世界オメガバースBLストーリー！

アルファのハルとロイドはオメガのフェロモンにあてられてか、レオをめぐって対立するはめになってしまった。しかしハルは、小さな頃からレオのことを想い続けてきたのに、フェロモンのせいで我を失っていると片付けられることに苦しみ、もどかしく思っていた。一方レオは、ロイドの暴走を誘発させた義母のせいでバルコニーから落ちてしまう。意識が戻らず弱っていくレオ。そんななか、どこからか現れた謎の少年が、「運命の番がいれば死なない」と告げ……。きらたが描く悪役令息という運命のフラグを折るごとに、未来が変わる異世界オメガバースBLストーリー！

転落して昏睡状態のオメガ・レオを助けるため、ハルはレオを背負って城から逃げ出した。『どうすれば、レオを助けられるのだろうか？』という気持ちと、『レオを好きだという気持ちはフェロモンのせいではない』という気持ちの狭間で森をさまよっていると、診療所を見つける。しかし診療所の医者からは助けられないと告げられが、森の魔女ならば治せると聞かされ……。きらたが描く悪役令息という運命のフラグを折るごとに、未来が変わる異世界オメガバースBLストーリー！

レオの衰弱を止めるべく、ハルと森でさまよっていたところを助けてくれたのは、なんと『魔王・カイト』だった！　とても友好的な上に、握手をした途端、体が美しい細いレオになって――!?　しかもフェロモンがレオの体から発生し、今までにない程のヒートに襲わる。同時にカイトも体が熱くなって興奮状態に陥ったのだが、そこにハルが割って入り……。きらたが描く悪役令息という運命のフラグを折るごとに、未来が変わる異世界オメガバースBLストーリー！

睡状態後の事の顛末を聞かされたレオは、とりあえず魔女――と思われていた魔王・カイトの元に、ハルと身を寄せることに。というのも、この魔王、どこをどう見ても日本人の転生者にしか思えないのである。レオの興味もさることながら、魔王の力をもってすれば、今現在の混乱したロミウッド帝国を正常化できるかもしれないと考えて……!?きらたが描く悪役令息という運命のフラグを折るごとに、未来が変わる異世界オメガバースBLストーリー！

なんとか魔王・カイトとの仲をつめて、ロミウッド帝国の混乱を鎮める手伝いをしてもらおうと画策するレオ。しかしなぜか二人きりになると、目をそらし、顔が紅潮するカイトに、レオは嫌われているのだと考えてしまう。一方、カイトに接近を試みるレオを見ていたハルは、嫉妬を募らせ、今の“綺麗な”レオのことは嫌いだと言い……。きらたが描く悪役令息という運命のフラグを折るごとに、未来が変わる異世界オメガバースBLストーリー！

ハルから「嫌い」と言われて心的ダメージを受けたレオは、“デブ”に戻ってしまった。しかしそれがきっかけで、“綺麗”なレオに緊張していたというカイトと一気に距離が縮まったのだった。あとは、いつカイトに自分も日本からの転生者であることを切り出すかという段階に入り……。きらたが描く悪役令息という運命のフラグを折るごとに、未来が変わる異世界オメガバースBLストーリー！