ジオンによる独立戦争開戦から11か月――一年戦争終盤の物語。ジオン占領下にある重要資源拠点の奪還作戦（オデッサ作戦）で大勝した連邦軍は一気に攻勢をかけるべく、本格的なモビルスーツ部隊の編成に動き出す。しかし、そのV作戦を成功させ、量産機ジムの投入を始めた連邦軍にとって、モビルスーツは未知数の新兵器。運用のノウハウをまったく持っていなかった。そこで発足されたのが、実戦データを収集するためのMS実験部隊――第11独立機械化混成部隊、通称モルモット隊である。配属されたユウ・カジマはジムのパイロットとなり、仲間たちと共に戦場を駆け巡るが、ある任務で謎の蒼いジムと遭遇する…！1996年にバンダイ（現バンダイナムコエンターテインメント）より発売された“ガンダム外伝”３部作、「THE BLUE DESTINY」をコミカライズ！　豪華スタッフにより、新たに生まれ変わった「ザ・ブルー・ディスティニー」！！

宇宙世紀0079年、一年戦争終盤の物語。実戦データを収集するためのMS実験部隊――第11独立機械化混成部隊通称モルモット隊に配属されたユウ・カジマは、ある任務でブルーディスティニー１号機と遭遇し、圧倒的なその機体の力に魅了されてしまっていた。だが、１号機の行方は知れないまま、ユウたちは新たなデータ収集の任務に駆り出される。一方、もうひとつのEXAM機イフリート改を駆るニムバス・シュターゼンは部下とともに、１号機を狙って急襲を仕掛ける。ついにユウとニムバス直接対決！EXAMの共鳴が、戦場に鳴り響く!!

宇宙世紀0079――“一年戦争”末期。ユウ・カジマたち実験部隊「モルモット隊」についにブルー１号機が配備された。ユウは１号機とともに各種ミッションに向かう。一方、ブルー２、３号機の開発も進んでいた…。

ユウ・カジマはブルー１号機で「ヴァイト・ヴァンド」攻略戦に参加する。ミサイル発射のタイムリミットが迫るなか、ついにＥＸＡＭシステムを開放し、基地制圧に乗り出すが、ＥＸＡＭの反動がユウを襲い……！？

宇宙世紀0079――“一年戦争”末期。ユウ・カジマたち「モルモット隊」はブルー１号機、陸戦型ジムのステルス仕様機に搭乗し、とあるミッションに参加していた。「フューチャー・ワールド」――宇宙移民の希望の象徴となりえる絵画を奪還するため、ジオン特殊部隊との深夜の市街戦に挑む!!

ユウ・カジマたちモルモット隊は、ジオンの重要拠点キャリフォルニア・ベースの奪還作戦に向かう。しかし、そこにはEXAM機を襲撃に来たニムバス隊の姿が…！　ついに、ユウとニムバス、宿命の対決が実現！

イフリート改を撃退したユウ・カジマたちモルモット隊。しかし、ニムバス隊は一足先に、連邦基地を襲撃しブルー２号機奪取作戦へ…！　さらにはスレイヴ・レイウたちも登場！　新展開を迎える第７巻！

ユウ・カジマたちモルモット隊は、宇宙へと脱出したニムバス隊を追い、サイド５へ進出する。不慣れな「空間戦」にとまどうモルモット隊だったが、ユウはブルー３号機のポテンシャルに驚愕する…。待望の宇宙編！

ユウ・カジマ達モルモット隊は、亡きクルスト博士が遺したEXAMの情報を求め、ジオンの領空内にある廃コロニーへ向かう。そこにはニムバス・シュターゼンが決着をつけるべく待ち受けているのであった…。