進路を見失った少年・レイフォンは、故郷を遠く離れた学園都市ツェルニで新たなる道を見出せるのか？　学園生活と異形の怪物・汚染獣との生死を賭けた戦いが隣り合う世界で繰り広げられる恋と戦いと自分探しの物語!!

対抗試合にて隠していた圧倒的な力を見せ付けてしまいその強さゆえに起こした過去の過ちが表に出るのではと、悩み苦しむレイフォン。そんな彼の前に幼馴染・リーリンからの手紙が届く……。

ツェルニが汚染獣に襲われた――。ツェルニを守るため戦うことを決意したレイフォン。だがしかし、念威操者であるフェリの協力を得ることが出来ずにひとりで戦おうとするが……。果たしてレイフォンはツェルニを、仲間を守ることが出来るのか！？

汚染獣を倒し、ツェルニに再び平和が訪れた。これで平凡な日常が戻ってくる――と思いきや、グレンダンからレイフォンの幼馴染・リーリンがやってきた！？　突然の事に驚くレイフォン達！　幼馴染リーリンの登場で、レイフォンを取り巻く女の子達の心中も穏やかではないようで……！？　だが、そんな恋愛事情の変化にドキドキしていられるような、平穏な日々は長くは続かず――

汚染獣に襲われた都市に足を踏み入れたレイフォンたち。そこでニーナは廃貴族に憑かれてしまった。レイフォンに、ニーナに、17小隊に迫り来る大きな闇。追い詰められたレイフォンが取った行動とは――!?

狂ってきた世界の謎を解くべく、ツェルニを２人で飛び出したフェリとレイフォン。そんな旅の途中に出会った謎の少女・ニルフィリア。彼女が示した道は、２人の運命を大きく左右するものだった――!!

サヴァリスに連れ去られたフェリ。気がつくと彼女はツェルニの地下研究室にいた。自分の置かれた状況がわからず混乱していると彼女の中にいるレヴァンテインが暴走し、ツェルニを傷つけてしまい―!?

死んだと思っていたフェリが生きている可能性があると聞き再びツェルニに降り立つ事を決意したレイフォン。そこには全ての黒幕が彼の目の前に立ちはだかった―！！コミック版・鋼殻のレギオス、衝撃の最終巻！