時はヒーロー全盛期！ヒーローに憧れる高校生・葛城修斗はヒーローになるため訓練をつんでいた。そんなある日、修斗は突如ナゾの覆面集団に襲われてしまう。この窮地から脱出するべく修斗は究極の選択を迫られるのだが…

ヒーロー同士の喧嘩に巻き込まれ、何とかその場をやり過ごした修斗。しかし、相手の放った攻撃のせいで辺りは火事になり、しかも自分を付けねらうアンカイザーまで現れてしまう。絶体絶命の中、修斗は!?

アンカイザーとの戦闘後、気を失ってしまった修斗。大事をとって検査入院をする事になってしまうが、そんな修斗を心配した水島ミレアがお見舞いにやってくるからさあ大変!?二人っきりになった修斗とミレアは…!?

ジャッキーと一緒に写ってしまったミレアの写真を取り返すべく、動き出した修斗。なんとか写真の行方をつかみ追跡を開始した修斗だが、突然現れた謎のヒーローに攻撃され足止めされてしまうのだった!!

ファットマンが所属する「ピザハット」の店の前に、大々的に宣伝しているハンバーガーショップがオープンするからさあ大変。新メニューの試食に修斗も呼ばれ、史上最高の味バトルが始まる!?

転校生として修斗の前に現れた「風守士葵」。ミレアの心配をよそに、意気投合し打解ける二人。そこで修斗は士葵に不思議な「力」がある事を知らされる。自分をあまり語らない士葵だが彼には重大な目的があった。

ついに激突してしまった修斗と士葵。圧倒的な士葵の力の前に、なす術もなくやられてしまい気を失う修斗。絶対絶命の窮地に“RATMAN”が暴走状態になり壮絶な戦いを始める！そんな中、修斗は気を失いながらも士葵の心の奥底にふれ、彼が助けを求めていることを知る。そのことに気づいた修斗はなんとか目を覚まし、士葵を救うため最後の戦いを挑むのだった!!

士葵との激闘を終え、やっといつもの日常に戻った修斗。しかし、ゆっくりすることは出来ずすぐにクレアから次の任務を言い渡される。そんな時、友達でもあるファットマンが絡んでくるから簡単な任務も危険が一杯!?

アンカイザーとの戦いを終え、再び「ヒーローとは何か？」と改めて考える修斗。そんな最中、ヒーロー協会・ジャッカルに対抗する新たな勢力が誕生する!?突然の事態に修斗は困惑を隠せず、抵抗を試みるのだが!?

「スマホ騒動」を治めるため、“IS-KA”に一人戦いを挑む命。しかし、“IS-KA”から真の姿を現したシンに敗れてしまう。命の窮地に駆けつけた修斗だったが自分そっくりのシンの姿を見て驚愕する。その圧倒的な力の前に敗北寸前の修斗だったが士葵の助けもありその場を離脱する。シンの言葉をヒントに、修斗は自分も関わった「ビル爆破事件」と「シャイニングマン」との関係を調べるのだが…!?