士郎正宗の『攻殻機動隊１．５』のつづきの世界。草薙素子が姿を消した後の公安９課を描いた『攻殻機動隊』最新作！　東北のトワダで、草薙素子の汚染された義体が見つかったという報告を受けて、捜査に向かったトグサと霊能局からやってきた新メンバーのツナギ。事件と関連のある宗教団体「アテルイ」に潜入するが、サイトーの宿敵ともいえる強敵に出くわす。一方、沖縄でも素子の影があったということで、バトー、アズマ、イシカワが捜査にあたるが、中国マフィアの襲撃を受ける。北と南の事件が線となり、関係者の陰謀が浮かび上がってくる。公安９課は事件が明るみになる前に食い止められるのか!?

士郎正宗の『攻殻機動隊１．５』のつづきの世界。草薙素子が姿を消した後の公安９課を描いた『攻殻機動隊』最新作第２巻！　公安９課から姿を消した草薙素子の義体が見つかった報告を受けて、捜査を始めたトグサと新人のツナギ。宗教団体「アテルイ」を調査中に高出力の義体部隊の襲撃を受けて、ツナギが負傷する。さらにツナギは、サイトーも警戒する最強の狩人「シロクマ」に連れ去られてしまう。一方、義体メーカー「オオサキ工業」を捜査中のバトーとイシカワは、事件と関連がある階上承を見張っていた。しかし中国マフィアから逃げるために、階上が仕掛けた攻撃によりイシカワが乗っ取られてしまい、バトーと戦うハメになる！！トグサの前には「シロクマ」が、バトーの前には「イシカワ」が敵として現る！！

士郎正宗の『攻殻機動隊１．５』のつづきの世界。草薙素子が姿を消した後の公安９課を描いた『攻殻機動隊』最新作第３巻！　公安9課を去った草薙素子の義体が東北のトワダで発見されたため、捜査を開始したトグサと新人のツナギ。一方、沖縄近海でも草薙発見の報告が届いたため、暴力団組織に潜入しているイシカワとバトーが捜査にあたった。北と南の捜査が進むにつれ、”白熊”と呼ばれる暗殺者と階上承の2人が、新浜市新市長の神子元シンラ殺害を目論んでいるとわかった。地方に散らばっていた9課メンバーは神子元を守るために、最終決戦の地・ニューポートに集結した!!新市長の生死によって、草薙素子から始まった一連の事件が完結する!!

トグサとツナギが追跡していたクルマに突然１台のトラックが突っ込んできた。運転手の男は即死。電脳にアクセスすると「オレは戦士だ」と叫ぶ人物の残像とともに多くの子どもたちの姿が見えた。これらが何を意味するかは不明だが、死因にアフリカに生息するブラックマンバの毒がかかわっていると判明。トグサとツナギは「新婚旅行の休暇」で、サハラのオアシスと呼ばれる「サヘル経済特区」に向かうことに！！民族対立の裏で大国の思惑がうごめく世界で最も熱い場所で、新たな任務が始まる！！

士郎正宗の『攻殻機動隊１．５』のつづきの世界。草薙素子が姿を消した後の公安９課を描いた『攻殻機動隊』最新作第２巻！　公安９課から姿を消した草薙素子の義体が見つかった報告を受けて、捜査を始めたトグサと新人のツナギ。宗教団体「アテルイ」を調査中に高出力の義体部隊の襲撃を受けて、ツナギが負傷する。さらにツナギは、サイトーも警戒する最強の狩人「シロクマ」に連れ去られてしまう。一方、義体メーカー「オオサキ工業」を捜査中のバトーとイシカワは、事件と関連がある階上承を見張っていた。しかし中国マフィアから逃げるために、階上が仕掛けた攻撃によりイシカワが乗っ取られてしまい、バトーと戦うハメになる！！トグサの前には「シロクマ」が、バトーの前には「イシカワ」が敵として現る！！

アフリカにあるサヘル経済特区日本領事館の柊茂樹が中毒死した事件を追い始めたトグサとツナギ。「新婚旅行の休暇」という名目で、サヘルにやってきた２人は、殺害に使われたブラックマンバの毒を追って砂漠のオアシスで生活するギリ族に会いにいく。一方、サヘル経済特区があるマディシ共和国では軍事クーデターが起こり、モジー将軍が政権を操るが解放軍のギリ族と内戦状態にあった。まったく関係ないと思われたマンバ毒と内戦の点と点は線になり、柊の事件の真相が見え始める！！アフリカの大地が焼き尽くされる前に、トグサは革命の炎となったキーマンを確保できるか！？

クローンボディ製造メーカーのヒューマンボディ社から「あるモノ」が強奪される事件が発生。奪われたものは国家機密に関する重要なもので、強奪犯と思われる来常ヒサシを公安9課はマークして、「あるモノ」を奪い返そうとしていた。そんな折、隊員のイシカワがヒューマンボディ社のロゴが入ったケースを船内で発見するが、中身はカラで「あるモノ」はすでに奪われた可能性が高いことが判明した。9課メンバーは来常を拘束して、口を割らせようとするが、船が欄干に差し掛かっとき、橋の上からクルマが落ちてきた! クルマには桃太郎サミットの立役者である伏戸大臣が乗っていたのだった。桃太郎サミット&伏戸を狙う「赤鬼」と公安9課の戦いが幕を開けた!!

希生ミツルら「赤鬼」の伏戸外務大臣襲撃を食い止めようとしている公安9課。赤鬼たちの背後を幾度か捉えるものの逮捕に至らない。生体義体の意義を各国の代表に問いかけたい伏戸外務大臣が出席する「桃太郎サミット」に赤鬼は出現するだろうという推測に基づき、公安9課はサミット会場で待ち構えていた。サミット会場は島で、渡れる橋は1本のみ。厳重な警備がしかれる中、1隻の巨大な船がサミット会場の島へ向かってくる！草薙素子がいなくなった公安9課の真価が問われる最終シリーズ、決着!!