人が巨大な虫になる奇病[カガステル]が発症。虫(カガステル)は理性を失い、人を襲い、繁殖し続ける。人類が虫(カガステル)の“駆除”を認めたのは、人口の三分二が喰い殺された後だった――。“駆除屋”として生きる少年・キドウは、“虫籠”で死にかけた男を発見。男は娘を託し息を引き取る。残された娘・イリは、父が死んだ哀しみでその場を動こうとしない。キドウはそんな少女の頬を叩き、言い放つ。「生きる気がないならここで死ね」――それが二人の出会い。

E-05で駆除屋を狙った猟奇的な殺人事件が相次ぐ。過去が胸を掠めるキドウの元に、一通の手紙が届く…。一方、イリはキドウが気になっている。駆除屋は人殺し、恐い存在だと認識されているけど、キドウは恐くないんじゃないかと思っていた。だけど剣を持った彼は、紛れもなく“駆除屋”だった。そんなある日、マリオからおつかいを頼まれるイリ。しかし道中でサイフを盗まれてしまった！　その先に待ち受けていた、影――。

E-05を守る東方連合軍の軍人・カシムは、五年前に西ゲートを街ごと燃やしたことをずっと悔やんでいた。そうしなければ他に被害が出てしまう可能性があったとはいえ、そこに取り残された家や親を亡くした子供に「仕方がなかった」とは言えない…。償うように西ゲートの子供たちのことを気にかける日々。そんな中、砂地の中を這うカガステルが発見される。そのカガステルを引っ張り出すには囮が必要だ。カシムはその囮役に手を挙げた…！

人々を守るべき存在の軍により、イリたちのいるE-05が武装制圧を受ける。キドウはイリを連れて逃亡を謀るも、駆除屋殺しのアハトがその路に立ち塞がった。騒然とする中、ジンはある情報を元に、メモリーチップを発見。そこにはイリの父、グリフィスの言葉が遺されていた。2104年、グリフィスがカガステルの研究所に来た頃に、時は遡る――。

カガステルの女王として覚醒したイリは、全てを思い出した。アドハム中将はカガステルの軍事利用を目論む。人の手でカガステルを統べる『女王』を作ることが目的とされていた。しかしタニアは、玉座なしではカガステルを制御することが出来なかった。娘のイリこそが、カガステルを真に操る存在――「どうか、俺達の娘を助けてくれ」父を称したグリフィスの遺言が響く。【単行本購入特典ペーパー付き】

連合軍政府によるE-05の武装制圧は人々を傷つける。参謀であるアドハム中将の本当の狙いはE-05を“虫籠”にすること――街に残された人々は街を虫籠にさせないため、戦うべく武器を持つ。キドウは捕らわれたイリを救うべく、一人虫籠へ！　一方イリは、母親の代わりにカガステルの女王になるべく連れてこられたこの場所で、本当の父フランツと対面する……。　【単行本購入特典ペーパー付き】

カガステルの研究が成されていた07は今“虫籠”となった。この場所で、今一度女王の座に座らせるべく捕らわれたイリは、助けにきたキドウと再会。人をカガステルにすることができるイリを、虫籠の外へ連れ出しても生きる場所はない――アドハムにそう告げられるも、二人は生きて再会する約束をし、互いに背を向けた。イリは母タニアを解放すべく最上階へ、キドウは敵を食い止めるべく剣を抜いた。　【単行本購入特典ペーパー付き】