ここは、空に浮かぶ陸で人が生きる世界。空には人や船を襲う“竜魚”という巨獣が彷徨う。そんな竜魚から人を守る“衛士”である優しい青年・ユウは、アンドロイドの少女・あせびと旅に出た。人類の最盛期ウォルデシア時代の文明遺産があるとされている、伝説のウォルデシアの首都、古代島ブラントを目指して！　――そこには、私たちに必要なものがあるのです。

幻の古代島・ブラントの位置が記されている古代地図(ウォルデシアマップ)を手に入れたあせびとユウ。しかし彼らの前に立ちはだかるのは、最強の衛士として名高い“暴風のグラム”だった。現在は第三次外空域遠征船団の隊長。国王直属の任務としてウォルデシアの文明遺産を目指す。強引に古代地図を奪いに来るグラムの激しい攻撃と竜魚の群れ…！　二つ巨大な追撃を受けながら、ユウたち一行は仲間に加わったハイトの船・ボータス号で大空へ出航した！

叔父に出資を頼むために立ち寄った島で、あせびと同じウォルデシアの人型モジュール・ダリアが現れた。ダリアはウォルデシア文明に人間を近づかせないよう命令を受け、あせびを攻撃！　しかし、斬りつけられたのは、あせびを庇ったユウだった…！　あせびの悲痛なる叫びが轟く――。

グラムの船に突如現れた、破壊する人型モジュール・ダリア。四年前の外空域船団を襲った張本人でもあった。グラムは仲間の無念を胸に抱き、ダリアを迎撃。船上で拮抗した戦いが繰り広げられた！　一方、ウォルデシアの遺産・ラディウス砲に取り込まれてしまったあせび。遠のく意識の中から聞こたのは、満身創痍の身であせびを守ろうとするユウの声。その言葉に涙するあせび。お願い、私はどうなっても構わないから――あなたは、生きて。

ダリアとの激闘を終え、ウォルデシアの首都島に近付くことの厳しさを痛感したユウ。少なくとも一般的な船では辿り着けない…。そこで目星をつけたのは、あせびがゲングと共に帰還した際に乗ってきたウォルデシアの船。重要機関を破壊して低空域大陸の底に沈めたのだった。しかし低空域に向かうにつれ有毒ガスが濃くなり危険が増す。ユウたちだけでは難しいと判断されたときに、思わぬ人物が味方に!?　【単行本購入特典ペーパー付き】

低空域大陸へウォルデシアの船を探しに出た一行。順風満帆に見えたが、竜魚に襲われ衛士のユリが重傷を負う。ユリの命を諦めかけるも、あせびは求める船に延命装置があることを告げ一刻も早く船に向かうことを提案した。しかし衛士は人を護ることが仕事。衛士のために命を賭けることはできない…それでもこのまま死なせるわけには行かない。あせびとユウは二人で低空域の深部に向かった！　【単行本購入特典ペーパー付き】

【電子限定特典ペーパー付き】――私は人間ではありません。主人の命令に逆らえない機械なんです。そう泣き叫ぶあせびに、ユウはまっすぐに恋心を伝えた…。一方リコリスたちの前に現れたのは、ブラントの保安部隊アイゼンとザイル。彼らはウォルデシア人であるリコリスの保護、ブラントに近づこうとする者の排除、あせびの破壊が使命とされていた。そして体を入れ替え復活したダリアを交え、最強の敵がユウたちに立ちはだかる！

【電子限定特典ペーパー付き】ウォルデシアを護る使命を担っている準戦闘モジュールのアイゼンとザイルは、圧倒的な力を見せるも、ユウたちの一致団結により敗れた。満身創痍のユウたちは傷を癒やすため、束の間の休息を取る。そこで目が覚めたあせびは、失ったはずの手足を確認する。それは敵の前に散ったダリアの手足だった…。己の未熟さを思い知ったユウたちは、新たな決意を胸に抱き新たなる旅路へ歩を進める！

【電子限定特典ペーパー付き】グレン、なずなと新しい仲間が加わり本格的に首都島ブラントを目指したユウたち。天候は荒れ、嵐に促されたどり着いた島に広がるのはどこか見たことがある街並みがあった。人が住める環境が整っていないはずの区域の島で、リコリスは600年前に生き別れた両親と再会…。一方、同じく再びブラントへ航行を開始したグラム隊。彼らの前に立ちはだかるのは、ウォルデシアの保安部隊。激しい戦いが始まった！！

【電子限定特典ペーパー付き】グラム隊によるブラントへの航行中、ウォルデシア保安部隊が襲撃！　ユウとダリアはグラム隊に加勢。前回の戦闘で得たザイルの腕を使った新しい武器で応戦、ザイル・ストック等と激闘を繰り広げた。ユウたちは保安部隊を追い詰めるも、なずなとリコリスの裏切りによりあせびが犠牲に…。リコリスは去り際に叫んだ。「もう一度あせびちゃんに会いたいなら、ブラントまで来なさい！」ユウたちはあせびを取り戻すべくブラントを目指し最後の戦いへ――！