南半球が人の立ち入れぬ“禁断大陸”と呼ばれるようになって五百年。人類初の渡航に成功し、調査船団『パンドラ』が帰ってきた。その姿をひと目見ようと世界中から人が集まる中、パンドラの船長の娘ナユタも禁断大陸から持ち帰る成果物に心躍らせていた。エデン島で、ナユタが偶然出会ったのは謎の少年セン。センはナユタに「お前達は禁断大陸が『禁断』である本当の理由を知らない」と警鐘を鳴らす。センが語る禁断の正体とは!?

大量の新生物を引き連れ、連合国首都『アイギス』へと向かう仮面の男を止めるため、『レイル川挟撃作戦』を実行したダーウィン機関ユーリ隊。謎の霧によって、ハンニバル隊との連絡が途絶える中、発生源を突き止めたセン達だったが、霧を発生させていた新生物は攻略法のわからない“新種”だった！　水でできた体には一切の攻撃が通用せず、劣勢に追い込まれてしまうセンとティオ。“新種”の恐るべき力に対抗する術は!?

首都アイギスに向かう仮面の男に追いついたセンだが、そこには「新人類」と呼ばれる新たな敵が！　オルハと名乗る圧倒的な力を持つ「新人類」に苦戦する中、父親から受け継いだ「超自然格闘術」の記憶を呼び戻し「龍骨」の真の力を解放したセン。禁断大陸で磨かれた究極のサバイバル術で、オルハに挑む。一方、バベルタワー最深部へ向かった仮面の男と新人類達。「ダーウィン機関」隊長とユーリ隊が立ち塞がり、闘いは総力戦へ！！