刀太（とうた）を巡る女達（九郎丸含む）の戦いは、波乱含みで一旦、終結。舞台はいよいよ、まほら武道会へ！　会場にやって来た刀太の前に現れたのは、宿敵フェイト！　フェイトは刀太に、祖父ネギ・スプリングフィールドの窮地と秘密を語り、自分の元に来るようにと、刀太を誘う……。

ネギ・スプリングフィールド登場！　動き出す、最終決戦!!　ネギを殺して世界を救うか、ネギを救って世界も救うか。カギを握るのは、キリヱとキスをすることで発動する時間停止能力。能力強化のため、刀太とキリヱを付き合わせようとしたところ……勃発したのは、みぞれ・忍・キリヱの刀太を巡る大バトル!!

刀太、『ネギま！』世界の深淵へ!!　刀太の前に現れた、ネギ・スプリングフィールドと『ネギま！』メンバー達!!　クウネルによって、ネギが教師をしていた頃の麻帆良学園に飛ばされた刀太は、雪姫の恋の物語を目撃する。笑顔を見せる雪姫と刀太が出会い、語り合う時、二人の前に突如として現れたのは……!?

フェイトの術の効果が切れ、再び戦闘状態となった“ネギ＝ヨルダ”と刀太達。ネギ、ラカン、カトラス……。最強・無敵メンバー達を前に、全敗必至の「ＵＱホルダー」。窮地を脱出するため、神楽坂明日菜が告げた“37秒”を刀太達は持ちこたえることができるのか……！？

“ネギ＝ヨルダ”と最強・無敵「ネギま！」メンバー達の圧倒的な攻撃を耐えきり、ひとまず世界を救ったUQホルダー。ボーナス休暇を兼ねてネギの足跡を辿る旅に出た刀太とキリヱは、「最後」までいっちゃうほど急接近！　そして、ネギの父・ナギの秘密のアトリエで見ることになるのは…懐かしき日々と恋の大顛末！！？

「俺達なりのハッピーエンドを今から見せてやるぜ」。ネギと雪姫達の物語を目撃し、決意も新たな刀太。その時、戦力が手薄になっていたUQホルダーのアジトに刀太の“妹”・カトラスが忍び寄る！　迎え撃つのは甚兵衛と源五郎。しかし、時を操るカトラスの能力を前に、次第に圧倒されていく……。

カトラスの急襲を退けたUQホルダーだったが、新たな脅威が世界を襲う！！　軌道エレベーター列車に仕掛けられた核爆弾。救うべきは、千人の命か？　百万人の命か！？　それとも、キリヱの心か！！？　極限の選択を迫られた刀太に、カトラスの歪んだ憎悪が暴発する！！

それは師と弟子の愛と悲劇の物語……。チャチャゼロの記憶から辿る、神楽坂明日菜のいない世界。そこではヨルダの討伐は叶わず、ネギは多くの仲間を失っていた。失意のネギはエヴァの元を訪れ、束の間の平穏を得た後、悲しき“運命の決戦”に備え、怒濤のごとき日々を過ごしていた……。

それは６００年前のある土砂降りの雨の日。世界最悪の罪人として、死ぬことすら許されなかった夏凜は、エヴァンジェリンと出会い、戦い、敗れる。二人を結びつけた運命とは、強大かつ無尽蔵な敵との苛烈な戦いの日々だった……。

都に行って一旗揚げる！　それが近衛刀太のでっかい夢。村長が課した旅立ちの条件は、育ての親であり、優れた魔法の使い手、雪姫を倒してみせること。雪姫に挑戦する日々を送っていた刀太だが、2人の前に現れた賞金稼ぎとの戦いによって、自分が“不死身”の存在であることを知る‥‥！　『ラブひな』『魔法先生ネギま！』の赤松健最新作は、“不死者”たちが躍動する近未来バトルファンタジー！！“神の拒絶”をはね除け、夏凜と仮契約を果たした刀太は、一空、三太、忍、みぞれ、そしてキリヱと仮契約を結ぶ。大きな戦力を得た刀太は、ネギと世界を救う第一歩として、宿敵・フェイトとの直接対決に挑む！　そして……最後のナンバーズがついに登場！　その正体とは！！？